Nộp lại quyết toán thuế TNCN có bị phạt không?

Nộp lại quyết toán thuế TNCN có bị phạt không? Đây là thắc mắc phổ biến của nhiều cá nhân và kế toán doanh nghiệp khi phát hiện sai sót trong hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân đã nộp. Thực tế, không phải mọi trường hợp nộp lại tờ khai đều bị xử phạt, mà còn phụ thuộc vào thời điểm khai bổ sung, tính chất sai sót và mức độ ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế. Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết các trường hợp được nộp lại hồ sơ quyết toán thuế TNCN, căn cứ pháp lý liên quan và quy định xử phạt cụ thể để người nộp thuế chủ động điều chỉnh, tránh rủi ro pháp lý.

1. Nộp lại quyết toán thuế TNCN có bị phạt không?

Nhiều doanh nghiệp và cá nhân lo ngại rằng nộp lại quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính. Tuy nhiên, không phải mọi trường hợp nộp lại tờ khai thuế đều bị phạt.

Theo khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, người nộp thuế sẽ không bị xử phạt trong trường hợp:

Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn

…

3. Không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp khai sai, người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện.

Như vậy, người nộp thuế sẽ không bị xử phạt nếu đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

• Đã thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

• Đã nộp đủ số tiền thuế còn thiếu (nếu có).

Việc khai bổ sung và nộp thuế được thực hiện trước một trong các thời điểm sau:

• Trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở người nộp thuế.
• Trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện sai sót mà không qua thanh tra, kiểm tra.
• Trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện sai sót.

2. Các trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN

Theo khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019  (được sửa đổi, bổ sung bởi điểm a, điểm b khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15) quy định như sau:

“1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.”

Theo đó, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót trong trường hợp sau đây:

• Trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
• Hồ sơ cần khai bổ sung không thuộc phạm vi, thời kỳ được nêu trong quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Lưu ý: Đối với các nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế sẽ thực hiện bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật thuế, pháp luật về thanh tra, cũng như kết luận, yêu cầu từ cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.

| Xem thêm: Hướng dẫn quyết toán thuế TNCN với cá nhân có thu nhập tại một nơi

Hướng dẫn cách xác định kỳ khai thuế TNCN và thuế GTGT

3. Hồ sơ khai bổ sung về thuế Thu nhập cá nhân

Căn cứ theo khoản 4 Điều 47 Luật Quản lý thuế năm 2019, khi người nộp thuế phát hiện sai sót trong hồ sơ đã nộp, việc khai bổ sung cần kèm theo các tài liệu sau:

• Tờ khai bổ sung theo Mẫu số 01/KHBS ban hành tại Phụ lục II Thông tư 80/2021/TT-BTC, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 40/2025/TT-BTC (nếu có);
• Bản giải trình khai bổ sung Mẫu số 01-1/KHBS, trình bày rõ nội dung điều chỉnh và căn cứ kèm theo;
• Hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân của kỳ tính thuế có sai, sót đã được bổ sung.

Theo khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, việc khai bổ sung thuế TNCN trong một số trường hợp cụ thể được hướng dẫn như sau:

3.1. Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế

Trường hợp khai bổ sung không ảnh hưởng đến số thuế phải nộp, thuế được miễn, giảm, hoàn hoặc khấu trừ, người nộp thuế chỉ cần nộp bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu liên quan, không bắt buộc nộp lại tờ khai bổ sung.

• Nếu chưa nộp hồ sơ quyết toán thuế năm, thì cần khai bổ sung tờ khai tháng hoặc quý có sai sót và tổng hợp số liệu đã điều chỉnh vào quyết toán năm.
• Nếu đã nộp hồ sơ quyết toán thuế năm, thì chỉ cần khai bổ sung quyết toán năm. Tuy nhiên, nếu là doanh nghiệp, hộ kinh doanh chi trả thu nhập từ tiền lương, tiền công, ngoài khai bổ sung quyết toán năm, còn cần khai bổ sung cả kỳ tháng/quý liên quan.

3.2. Trường hợp khai bổ sung làm thay đổi nghĩa vụ thuế

Nếu việc điều chỉnh dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được hoàn, Doanh nghiệp, hộ kinh doanh cần:

• Nộp đầy đủ hồ sơ khai bổ sung, bao gồm cả tờ khai bổ sung, bản giải trình và tài liệu chứng minh liên quan.
• Nộp đủ số tiền thuế phát sinh tăng thêm, hoặc số tiền đã hoàn không đúng quy định.
• Trường hợp chậm nộp thì phải tính thêm tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước, theo quy định hiện hành.