Công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân: hướng dẫn chi tiết từ A–Z

Quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) là nghiệp vụ quan trọng mà công ty (tổ chức trả thu nhập) phải thực hiện vào đầu mỗi năm cho người lao động (NLĐ). Đây là việc cá nhân hoặc tổ chức trả thu nhập thực hiện kê khai, tính toán lại tổng số thuế TNCN phải nộp trong một năm tính thuế (năm dương lịch), dựa trên tổng thu nhập chịu thuế, các khoản được miễn giảm, số thuế đã tạm khấu trừ hoặc tạm nộp hàng tháng/quý, nhằm xác định chính xác số thuế còn phải nộp thêm hoặc số thuế đã nộp thừa để được hoàn lại hoặc bù trừ cho kỳ tiếp theo.

Bài viết dưới đây phầm mềm kế toán MISA SME sẽ hướng dẫn công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho người lao động chi tiết.

1. Công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho người lao động khi nào?

1.1. Trách nhiệm chung của công ty

Theo quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 80/2021/TT-BTC, tổ chức, cá nhân trả thu nhập (doanh nghiệp) có trách nhiệm khấu trừ, kê khai, nộp và quyết toán thuế TNCN cho các khoản thu nhập từ tiền lương, tiền công đã chi trả cho người lao động. Đồng thời, thực hiện quyết toán thay cho người lao động nếu họ đủ điều kiện và có văn bản ủy quyền.

Tổ chức, cá nhân trả thu nhập không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế có trách nhiệm khai quyết toán thuế và quyết toán thuế thay cho cá nhân có ủy quyền.

1.2. Điều kiện để công ty quyết toán thay cho NLĐ

Công ty chỉ được quyết toán thay cho NLĐ khi NLĐ có ủy quyền và đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

1.3. Các trường hợp công ty không được quyết toán thay

Công ty không thể nhận ủy quyền quyết toán trong các trường hợp sau:

• Người lao động ký hợp đồng và nhận thu nhập đồng thời từ hai công ty trở lên trong cùng một năm (dù làm trọn năm hay chỉ trùng lặp một khoảng thời gian). Trong tình huống này, không có công ty nào được phép nhận ủy quyền quyết toán thuế thay cho người lao động, người lao động bắt buộc phải tự quyết toán với cơ quan thuế.
• Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công đồng thời thuộc diện xét giảm thuế do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn, bệnh hiểm nghèo ảnh hưởng đến khả năng nộp thuế thì không ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế thay mà phải trực tiếp khai quyết toán với cơ quan thuế.

1.4. Thời hạn quyết toán

Trường hợp cá nhân ủy quyền cho tổ chức thực hiện quyết toán thuế TNCN thay cho mình thì thời gian quyết toán thuế TNCN 2025 chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch, tức chậm nhất là ngày 31/3/2026.

2. Hướng dẫn công ty quyết toán thay thuế thu nhập cá nhân cho NLĐ

Bước 1: Thu thập giấy ủy quyền quyết toán thuế từ NLĐ

Trường hợp người lao động ủy quyền cho doanh nghiệp quyết toán thuế TNCN thì người lao động bắt buộc phải lập giấy ủy quyền quyết toán thuế cho doanh nghiệp quyết toán thuế TNCN thay cho mình. Giấy ủy quyền quyết toán thuế TNCN làm theo Mẫu 08/UQ-QTT-TNCN được ban hành kèm theo Phụ lục II Thông tư số 80/2021/TT-BTC. Giấy ủy quyền có chữ ký của người lao động và đóng dấu của doanh nghiệp.

Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ khai quyết toán thuế

Theo quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp nộp hồ sơ quyết toán năm thuế thu nhập cá nhân tại Chi cục Thuế quản lý trực tiếp. Bộ hồ sơ đầy đủ gồm:

• Tờ khai quyết toán thuế TNCN Mẫu 05/QTT-TNCN (cho tổ chức trả thu nhập)
• Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân thuộc diện tính thuế theo biểu lũy tiến Mẫu 05-1/BK-QTT-TNCN
• Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân thuộc diện tính thuế theo thuế suất toàn phần Mẫu 05-2/BK-QTT-TNCN
• Phụ lục bảng kê chi tiết người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh Mẫu 05-3/BK-QTT-TNCN
• Giấy ủy quyền quyết toán thuế TNCN Mẫu 08/UQ-QTT-TNCN (của từng NLĐ)

Lưu ý mới 2026: Mẫu tờ khai này được ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC và đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 40/2025/TT-BTC, áp dụng khi thực hiện quyết toán thuế theo quy định hiện hành.

Bước 3: Tính toán thu nhập và số thuế của NLĐ

Công ty tập hợp dữ liệu cho từng NLĐ:

• Tổng thu nhập chịu thuế trong năm
• Các khoản giảm trừ (bản thân, người phụ thuộc, bảo hiểm bắt buộc, từ thiện…)
• Số thuế TNCN đã khấu trừ/tạm nộp trong năm
• Số thuế phải nộp theo quyết toán
• Chênh lệch (nộp thừa hoặc nộp thiếu)

Áp dụng mức giảm trừ gia cảnh:

• Đối với kỳ quyết toán 2025: mức giảm trừ đối với đối tượng nộp thuế là 11 triệu đồng/tháng (132 triệu đồng/năm); mức giảm trừ đối với mỗi người phụ thuộc là 4,4 triệu đồng/tháng.
• Kể từ kỳ tính thuế năm 2026, mức giảm trừ gia cảnh được điều chỉnh theo Nghị quyết số 110/2025/UBTVQH15: mức giảm trừ đối với người nộp thuế là 15,5 triệu đồng/tháng (tương đương 186 triệu đồng/năm); mức giảm trừ đối với mỗi người phụ thuộc là 6,2 triệu đồng/tháng. Việc điều chỉnh có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Bước 4: Nộp hồ sơ quyết toán

• Nơi nộp: Chi cục Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp
• Hình thức nộp: Online qua Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế (thuedientu.gdt.gov.vn) hoặc qua Cổng Dịch Vụ Công quốc gia
• Thời hạn: Chậm nhất ngày 31/3/2026 cho kỳ quyết toán 2025

Bước 5: Nộp số thuế còn thiếu (nếu có) vào NSNN

Sau khi quyết toán, nếu phát sinh số thuế còn phải nộp, doanh nghiệp thực hiện nộp vào Ngân sách Nhà nước trong thời hạn quy định để tránh bị tính tiền chậm nộp.

3. Cách xử lý số thuế TNCN nộp thừa/nộp thiếu của NLĐ

3.1. Trường hợp nộp thừa thuế TNCN

Căn cứ khoản 2 Điều 28 Thông tư 111/2013/TT-BTC quy định về hoàn thuế như sau:

“2. Đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay thì việc hoàn thuế của cá nhân được thực hiện thông qua tổ chức, cá nhân trả thu nhập. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện bù trừ số thuế nộp thừa, nộp thiếu của các cá nhân. Sau khi bù trừ, nếu còn số thuế nộp thừa thì được bù trừ vào kỳ sau hoặc hoàn thuế nếu có đề nghị hoàn trả.”

Như vậy, khi phát sinh số thuế TNCN nộp thừa sau bù trừ nội bộ tại doanh nghiệp, NLĐ (thông qua công ty đã nhận ủy quyền) có hai phương án xử lý linh hoạt như sau:

• Cách 1 – Bù trừ vào kỳ sau: Doanh nghiệp ghi nhận số thuế nộp thừa và tự động cấn trừ vào số thuế TNCN phải nộp của kỳ kê khai tiếp theo.
• Cách 2 – Hoàn thuế: Doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, sau khi nhận được tiền hoàn sẽ chi trả lại cho NLĐ.

3.2. Trường hợp nộp thiếu thuế TNCN

Trường hợp sau khi quyết toán, số thuế TNCN mà NLĐ phải nộp lớn hơn số thuế đã được công ty khấu trừ, tạm nộp trong năm thì phát sinh số thuế TNCN nộp thiếu. Doanh nghiệp (với tư cách là bên nhận ủy quyền quyết toán) có trách nhiệm thu đủ và nộp bổ sung phần chênh lệch này vào Ngân sách Nhà nước.

Căn cứ khoản 2 Điều 28 Thông tư 111/2013/TT-BTC quy định về việc xử lý thuế nộp thừa/nộp thiếu thông qua tổ chức trả thu nhập:

“Đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay thì việc hoàn thuế của cá nhân được thực hiện thông qua tổ chức, cá nhân trả thu nhập. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện bù trừ số thuế nộp thừa, nộp thiếu của các cá nhân…”

Đồng thời, căn cứ Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, trường hợp doanh nghiệp chậm nộp số thuế còn thiếu vào NSNN sẽ bị tính tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp.

Như vậy, đối với khoản thuế TNCN nộp thiếu phát sinh sau quyết toán, trách nhiệm thu hồi và nộp bổ sung thuộc về doanh nghiệp đã nhận ủy quyền. Tùy vào tình trạng lao động, công ty có thể xử lý như sau:

• Đối với NLĐ còn làm việc tại công ty: Công ty khấu trừ thêm vào tiền lương tháng gần nhất để nộp bổ sung vào NSNN.
• Đối với NLĐ đã nghỉ việc: Công ty chủ động liên hệ thu lại, hoặc hướng dẫn NLĐ tự nộp.

3.3. Trường hợp phát hiện sai sót sau quyết toán

Trường hợp doanh nghiệp phát hiện nộp thiếu thuế thu nhập cá nhân của người lao động, doanh nghiệp được thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm, tính từ ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế phát sinh sai sót. Tuy nhiên, việc khai bổ sung phải thực hiện trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp.

Đối với trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân làm tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp số tiền thuế phát sinh bổ sung và nộp tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế nộp chậm.

4. Lưu ý khi công ty quyết toán thay thuế thu nhập cá nhân

Lưu ý 1: Chỉ quyết toán phần thu nhập do công ty chi trả

Công ty chỉ tiến hành quyết toán thuế thay cho phần thu nhập do công ty chi trả. Với phần thu nhập vãng lai ở nơi khác (nếu có), NLĐ chịu trách nhiệm tự quyết toán (nếu có yêu cầu).

Lưu ý 2: Thu thập chứng từ khấu trừ từ đơn vị cũ (nếu có)

Doanh nghiệp cần lưu ý khi quyết toán thuế TNCN đối với người lao động có nhiều nguồn thu nhập và người lao động nghỉ việc. Đối với người lao động có nhiều nguồn thu nhập từ nhiều tổ chức, cá nhân trả thu nhập thì doanh nghiệp quyết toán thuế TNCN thay cho người lao động phải thu thập hồ sơ quyết toán thuế TNCN từ các tổ chức, cá nhân trả thu nhập khác.

Lưu ý 3: Sử dụng số định danh cá nhân thay cho MST

Thực hiện đối chiếu, cập nhật thông tin số định danh cá nhân cho từng người lao động trong hệ thống quản lý thuế; chủ động phối hợp, hướng dẫn người lao động bổ sung, điều chỉnh thông tin khi có thay đổi hoặc chưa đầy đủ; đảm bảo tất cả hồ sơ liên quan đến quyết toán thuế thu nhập cá nhân từ 1/7/2025 sử dụng đúng số định danh cá nhân thay cho mã số thuế cũ.

Lưu ý 4: Xử lý sau khi đã quyết toán thay mà phát hiện NLĐ thuộc diện tự quyết toán

Cá nhân sau khi đã ủy quyền quyết toán thuế, tổ chức, cá nhân trả thu nhập đã thực hiện quyết toán thuế thay cho cá nhân, nếu phát hiện cá nhân thuộc diện trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập không điều chỉnh lại quyết toán thuế TNCN, chỉ cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân theo số quyết toán và ghi vào góc dưới bên trái của chứng từ khấu trừ thuế nội dung: “Công ty… đã quyết toán thuế TNCN thay cho Ông/Bà… (theo ủy quyền) tại dòng (số thứ tự)… của Phụ lục Bảng kê 05-1/BK-TNCN”.

Lưu ý 5: Đăng ký lại người phụ thuộc khi có NLĐ chuyển công tác

Khi NLĐ chuyển sang công ty mới, họ phải đăng ký lại người phụ thuộc tại đơn vị mới để tiếp tục được tính giảm trừ gia cảnh. Hệ thống của các công ty không liên thông với nhau, do đó công ty mới không có cơ sở để áp dụng giảm trừ nếu NLĐ không nộp lại hồ sơ đăng ký.

Lưu ý 6: Rủi ro khi quyết toán sai

Việc quyết toán thuế TNCN sai có thể khiến cơ quan thuế truy thu trong vòng 10 năm, tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày và phạt thêm 20% số thuế khai thiếu. Ngược lại, quyết toán đúng không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý mà còn giúp người lao động nhận hoàn thuế nhanh chóng, tăng cường sự gắn kết.

Lưu ý 7: Chủ động nộp hồ sơ sớm, tránh quá tải hệ thống

Trước thời điểm quyết toán, số lượng hồ sơ nộp tăng cao, tập trung vào những ngày cuối cùng của thời hạn nộp, có thể dẫn đến tình trạng quá tải hệ thống hoặc chậm xử lý hồ sơ. Để chủ động trong việc kê khai và tránh rủi ro nộp chậm tờ khai, các cá nhân, tổ chức trả thu nhập nên thực hiện nộp hồ sơ sớm, không chờ đến sát thời hạn.

Kết luận

Quyết toán thuế TNCN là nghiệp vụ bắt buộc nhưng dễ phát sinh sai sót nếu không nắm rõ quy định và quy trình thực hiện. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, áp dụng đúng chính sách thuế mới và nộp đúng hạn để hạn chế rủi ro, đồng thời đảm bảo quyền lợi cho người lao động. Việc ứng dụng phần mềm kế toán sẽ giúp tự động hóa quy trình, giảm sai sót và tiết kiệm đáng kể thời gian xử lý.

Trong đó, phần mềm kế toán MISA SME là giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp quản lý toàn diện nghiệp vụ kế toán và thuế, đặc biệt là quyết toán thuế TNCN nhanh chóng, chính xác với các tính năng nổi bật:

• Kê khai và quyết toán thuế tự động: Lập đầy đủ tờ khai thuế TNCN và nộp trực tiếp qua cổng thuế điện tử
• Quản lý lương – bảo hiểm – thuế TNCN: Tự động tính lương, khấu trừ thuế và tổng hợp dữ liệu quyết toán
• Tự động cập nhật chính sách thuế mới: Áp dụng đúng mức giảm trừ và quy định hiện hành
• Lập báo cáo tài chính tự động: Xuất báo cáo theo đúng chuẩn quy định
• Làm việc linh hoạt, bảo mật cao: Truy cập mọi lúc, dữ liệu được bảo vệ an toàn
• Hỗ trợ nghiệp vụ kịp thời: Giúp kế toán xử lý nhanh các tình huống phát sinh

Nhanh tay đăng ký dùng thử miễn phí phần mềm ngay tại đây