Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót theo quy định mới 2026

Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót là nghiệp vụ kế toán cần xử lý kịp thời để đảm bảo quyền khấu trừ thuế GTGT và hạn chế rủi ro khi quyết toán thuế. Vậy hóa đơn đầu vào bị bỏ sót kê khai vào kỳ nào, trường hợp nào phải khai bổ sung và hồ sơ thực hiện gồm những gì? Bài viết dưới đây của phần mềm kế toán MISA sẽ hướng dẫn chi tiết cách xử lý theo quy định pháp luật hiện hành, giúp kế toán xác định đúng kỳ kê khai và thực hiện điều chỉnh phù hợp.

1. Vì sao phải kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót? 

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót có thể gây ảnh hưởng đến số thuế GTGT được khấu trừ, số liệu kế toán và việc xác định nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Vì vậy, khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, kế toán cần thực hiện kê khai để ghi nhận đầy đủ các giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ, xác định chính xác số thuế GTGT được khấu trừ và thực hiện đúng nghĩa vụ thuế.

Cụ thể về những rủi ro khi bỏ sót hóa đơn đầu vào có thể kế đến như:

• Thiệt hại tài chính: Doanh nghiệp có thể không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu không đáp ứng điều kiện theo quy định, làm tăng chi phí và số thuế phải nộp
• Bị xử phạt hành chính: Nếu việc bỏ sót dẫn đến khai sai, thiếu thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn, doanh nghiệp có thể bị phạt 20% số thuế khai thiếu hoặc số thuế được hoàn cao hơn quy định
• Nguy cơ bị xử phạt trốn thuế: Nếu có đủ căn cứ xác định doanh nghiệp cố ý bỏ sót hóa đơn nhằm trốn thuế, doanh nghiệp có thể bị xử phạt theo quy định về trốn thuế
• Phát sinh tiền chậm nộp: Trường hợp phải bổ sung thuế, doanh nghiệp có thể phải nộp thêm tiền chậm nộp theo quy định
• Sai lệch sổ sách kế toán: Hóa đơn bị bỏ sót có thể khiến số liệu về chi phí, hàng tồn kho, công nợ và thuế GTGT không được ghi nhận đầy đủ

2. Căn cứ pháp lý quy định kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

Căn cứ pháp lý quy định về việc kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót như sau:

• Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15
• Nghị định 252/2026/NĐ-CP
• Nghị định 254/2026/NĐ-CP
• Thông tư 91/2026/TT-BTC
• Thông tư 89/2026/TT-BTC

2.1 Quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào 

Theo khoản 1 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT nếu đáp ứng điều kiện theo quy định. Trường hợp hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế đầu vào phục vụ hoạt động chịu thuế và phải hạch toán riêng hoặc phân bổ theo quy định.

Về thời điểm kê khai và xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, khoản 5 và khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định:

• Thời điểm kê khai, khấu trừ: Theo khoản 5 Điều 23 quy định, thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó; số thuế hưa được khấu trừ hết được chuyển sang kỳ tiếp theo
• Khai bổ sung kỳ phát sinh:Theo điểm a khoản 6 Điều 23, nếu việc kê khai lại thuế GTGT đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của kỳ phát sinh, người nộp thuế phải khai bổ sung hồ sơ của kỳ đó, nộp số thuế tăng thêm hoặc hoàn trả số thuế được hoàn cao hơn quy định và tiền chậm nộp nếu có.
• Kê khai tại kỳ phát hiện sai, sót: Theo điểm b khoản 6 Điều 23, nếu việc kê khai lại làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau, người nộp thuế kê khai vào kỳ phát hiện sai, sót.

2.2 Quy định về khai bổ sung hồ sơ thuế khi bỏ sót hóa đơn đầu vào 

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế có sai, sót trong thời hạn 5 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ có sai, sót, nếu thuộc trường hợp được phép khai bổ sung theo quy định.

Tuy nhiên, đối với thuế GTGT đầu vào bị kê khai sai, sót, cần áp dụng quy định chuyên biệt tại điểm a khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Điều khoản này quy định việc khai bổ sung hồ sơ thuế nói chung, đồng thời nêu rõ trường hợp phát hiện thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì thực hiện theo pháp luật thuế GTGT.

2.3 Quy định về hồ sơ khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót 

Trường hợp phải khai bổ sung, hồ sơ cần thực hiện theo hướng dẫn về thủ tục khai bổ sung hồ sơ thuế tại khoản 10 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và quy định hướng dẫn của Bộ Tài chính, bao gồm các tài liệu tương ứng với thủ tục khai bổ sung:

• Tờ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ có sai, sót
• Bản giải trình khai bổ sung theo mẫu áp dụng
• Hóa đơn đầu vào, chứng từ thanh toán và các tài liệu liên quan làm căn cứ xác định số liệu điều chỉnh

Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, doanh nghiệp phải nộp khoản chênh lệch và tiền chậm nộp nếu phát sinh. Trường hợp điều chỉnh số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, kế toán thực hiện theo quy định riêng về thuế GTGT đầu vào bị sai, sót.

Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc khai bổ sung hồ sơ thuế thực hiện theo pháp luật về hải quan theo khoản 9 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

3. Biểu mẫu tờ khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót 

4. Hướng dẫn cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót 

Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót phụ thuộc vào loại hóa đơn và ảnh hưởng của việc kê khai bổ sung đến số thuế GTGT phải nộp, số thuế được hoàn hoặc số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Theo khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, kế toán cần xác định đúng trường hợp để lựa chọn cách xử lý phù hợp.

Chốt lại, doanh nghiệp cần căn cứ vào kết quả tính lại tờ khai của kỳ phát sinh hóa đơn để xác định phương án xử lý:

• Nếu sai sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn: Khai bổ sung hồ sơ thuế của kỳ phát sinh sai, sót và thực hiện nghĩa vụ thuế tương ứng.
• Nếu sai sót làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm thay đổi số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: Kê khai phần chênh lệch vào kỳ phát hiện sai, sót theo quy định.

Kết luận 

Việc kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót cần căn cứ vào ảnh hưởng của sai sót đến số thuế phải nộp, số thuế được hoàn và số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Kế toán cần xác định đúng trường hợp để lựa chọn kê khai tại kỳ phát hiện sai, sót hoặc khai bổ sung kỳ phát sinh theo quy định. Đồng thời, doanh nghiệp nên thường xuyên đối chiếu hóa đơn điện tử với sổ kế toán và tờ khai thuế để hạn chế sai sót, đảm bảo số liệu chính xác và giảm thiểu rủi ro về thuế.

Hiện nay, nhiều doanh nghiệp đã nhận thấy việc lựa chọn phần mềm kế toán có tính năng kết nối với phần mềm hoá đơn điện tử như MISA AMIS sẽ giúp ích nhiều cho kế toán trong quá trình xử lý công việc hàng ngày. Phần mềm kế toán online MISA với nhiều tính năng như:

• Kết nối trực tiếp phần mềm hoá đơn điện tử, cho phép phát hành hoá đơn điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP ngay trên phần mềm và tự động hạch toán doanh thu ngay khi lập hóa đơn điện tử;
• Khởi tạo mẫu hoá đơn điện tử từ bộ có sẵn: Chương trình có sẵn kho mẫu hóa đơn từ cơ bản đến đặc thù từng doanh nghiệp, đáp ứng nhu cầu sử dụng đa dạng, cho phép đơn vị lấy về sử dụng mà không mất công thiết kế lại;
• Đầy đủ báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn: Cho phép in được báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo tháng, quý, tuân thủ quy định mới nhất về quản lý và sử dụng hóa đơn của Bộ Tài chính.

Ngoài ra MISA còn có nhiều tính năng, tiện ích thông minh nổi bật khác như:

• Hệ sinh thái kết nối:
  • Ngân hàng điện tử – cho phép lấy sổ phụ, đối chiếu và chuyển tiền ngay trên phần mềm
  • Cổng mTax cho phép nộp tờ khai, nộp thuế ngay trên phần mềm
  • Hệ thống quản trị bán hàng, nhân sự…
• Đầy đủ các nghiệp vụ kế toán: Đầy đủ 20 nghiệp vụ kế toán theo TT133 & TT99, từ Quỹ, Ngân hàng, Mua hàng, Bán hàng, Kho, Hóa đơn, Thuế, Giá thành,…
• Tự động nhập liệu: Tự động nhập liệu từ hóa đơn điện tử, nhập khẩu dữ liệu từ Excel giúp rút ngắn thời gian nhập chứng từ, tránh sai sót.
• Tự động tổng hợp số liệu và kết xuất báo cáo tài chính với hàng trăm biểu mẫu có sẵn giúp kế toán đáp ứng kịp thời yêu cầu của lãnh đạo ….