Hướng dẫn kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ theo quy định mới từ ngày 01/07/2026

Kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ là nghiệp vụ kế toán cần đặc biệt lưu ý khi hóa đơn điều chỉnh được lập sau kỳ kê khai hóa đơn gốc. Nếu xác định sai kỳ kê khai hoặc xử lý không đúng quy định, doanh nghiệp có thể gặp sai lệch về thuế GTGT phải nộp, số thuế được khấu trừ và hồ sơ khai thuế. Bài viết dưới đây của phần mềm kế toán MISA hướng dẫn chi tiết các trường hợp cần kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ, cách kê khai theo từng tình huống và thời hạn khai bổ sung hồ sơ thuế theo quy định hiện hành.

1. Khi nào cần kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ? 

Từ ngày 01/07/2026, các quy định mới về hóa đơn điện tử và kê khai thuế đặt ra yêu cầu kế toán cần xác định đúng kỳ kê khai khi hóa đơn điều chỉnh được lập sau kỳ phát sinh hóa đơn gốc. Tùy thuộc vào nguyên nhân điều chỉnh và ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế GTGT, doanh nghiệp có thể kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, kỳ nhận hóa đơn hoặc thực hiện khai bổ sung hồ sơ thuế.

Căn cứ vào Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP về khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản 6 điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP về khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT đầu vào và khoản 6 điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, người bán kê khai hóa đơn điều chỉnh vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, còn người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.

Các trường hợp cụ thể gồm có:

• Điều chỉnh giá trị quyết toán dự án: Phát sinh thay đổi về đơn giá, khối lượng hoặc giá bán theo uy định của pháp luật chuyên ngành sau khi quyết toán
• Chiết khấu thương mại: Điều chỉnh giá trị chiết khấu căn cứ vào số lượng hoặc doanh số mua hàng, bao gồm trường hợp phát sinh sau khi kết thúc chương trình hoặc khoản chiết khấu lớn hơn giá trị hàng hóa cuối cùng
• Trả lại hàng hóa, dịch vụ: Người mua trả lại một phần hoặc toàn bộ hàng hóa, dịch vụ và các bên thực hiện lập hóa đơn theo quy định
• Hoàn phí, giảm chi phí bảo hiểm: Điều chỉnh các khoản chi phí, giảm phí hoặc giảm hoa hồng môi giới bảo hiểm theo quy định của pháp luật về kinh doanh bảo hiểm
• Điều chỉnh chênh lệch giá khí: Điều chỉnh giá trị trong trường hợp bán khí thiên nhiên tại thị trường Việt Nam có chênh lệch do quy đổi ngoại tệ tại thời điểm thanh toán thực tế
• Hoàn phí dịch vụ của tổ chức tín dụng: Ngân hàng và tổ chức tín dụng lập hóa đơn điều chỉnh để hoàn phí dịch vụ cho khách hàng

Đối với các trường hợp khác, doanh nghiệp tiếp tục đối chiếu điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và quy định của Luật Quản lý thuế để xác định cách khai bổ sung phù hợp.

Trong trường hợp xử lý hóa đơn điều chỉnh khác kỳ, căn cứ vào điểm d khoản 1 điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, nếu người bán đã gửi Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử đối với hóa đơn, có sai sót, người bán gửi thông tin điều chỉnh hoặc thay thế trực tiếp trên Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử của kỳ tiếp theo, không phải gửi Thông báo hóa đơn đã lập sai đến cơ quan thuế trong trường hợp thuộc quy định này.

2. Cách kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ 

Từ ngày 01/07/2026, việc kê khai hóa đơn điều chỉnh được thực hiện theo từng trường hợp. Căn cứ pháp lý dựa vào Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC, khoản 6 điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và khoản 6 điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC. 

Đối với bên bán, hóa đơn điều chỉnh do sai sót được kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn gốc. Nếu chưa nộp đủ tờ khai của kỳ này, bên bán kê khai hóa đơn gốc và hóa đơn điều chỉnh trên tờ khai lần đầu. Nếu đã nộp tờ khai, bên bán thực hiện bổ sung hồ sơ thuế của kỳ có sai sót.

Đối với bên mua cần phải xác định ảnh hưởng của việc điều chỉnh đến nghĩa vụ thuế GTGT:

3. Thời hạn kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế 

Căn cứ theo khoản 5 điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đã nộp trong thời hạn 5 năm kể từ ngày hết hạn thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót, nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định.

Cụ thể, thời hạn khai bổ sung được áp dụng như sau:

• Trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra: Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ có sai sót trong thời hạn 5 năm theo quyết định
• Sau khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra: Người nộp thuế vẫn được khai bổ sung đối với hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra, nếu đáp ứng điều kiện luật định
• Hồ sơ thuộc phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra: Trường hợp phát hiện sai sót làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn hoặc giảm số thuế được khấu trừ, người nộp thuế thực hiện giải trình để cơ quan thuế xem xét, xử lý theo quy định, không tự động khai bổ sung như trường hợp thông thường.

Kết luận 

Kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ cần căn cứ vào nguyên nhân điều chỉnh, thời điểm phát sinh sai sót và ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế GTGT để xác định cách xử lý phù hợp. Kế toán cần phân biệt trường hợp kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh với trường hợp phải khai bổ sung hồ sơ thuế của kỳ gốc, đồng thời lưu ý thời hạn khai bổ sung theo quy định. Việc kiểm tra kỹ hóa đơn gốc, hóa đơn điều chỉnh và số liệu trên tờ khai sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót, đảm bảo kê khai thuế chính xác và tuân thủ quy định pháp luật.

Phần mềm kế toán MISA cho phép kế toán kê khai thuế nhanh chóng và chính xác nhờ trợ lý ảo MISA AVA. Kế toán chỉ cần nhập lệnh hoặc yêu cầu, hệ thống sẽ tự động tổng hợp số liệu từ sổ sách và lập tờ khai thuế đúng biểu mẫu.

Bên cạnh đó, phần mềm còn có nhiều tính năng nổi bật có thể kể đến như:

• AI phát hiện và cảnh báo sai sót chứng từ, giúp tránh kê khai sai ngay từ đầu
• Tự động lập tờ khai và hỗ trợ kê khai điều chỉnh khác kỳ, phù hợp với quy định mới nhất
• Trợ lý ảo AVA tư vấn quy trình điều chỉnh thuế, cá nhân hóa theo từng trường hợp
• Tự động cập nhật luật thuế, biểu mẫu, thời hạn khai bổ sung giúp kế toán luôn theo kịp thay đổi