Kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ theo quy định mới năm 2026

Kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ là nghiệp vụ kế toán cần thực hiện đúng quy định để tránh sai lệch số liệu thuế GTGT và phát sinh nghĩa vụ thuế không chính xác. Vậy hóa đơn thay thế khác kỳ kê khai vào kỳ nào, trường hợp nào phải khai bổ sung kỳ gốc và trường hợp nào được điều chỉnh tại kỳ phát hiện sai sót? Bài viết dưới đây của phần mềm kế toán MISA sẽ hướng dẫn cách kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ theo quy định mới, đồng thời tổng hợp những lưu ý quan trọng giúp kế toán xử lý hóa đơn đúng kỳ và hạn chế sai sót khi lập hồ sơ khai thuế.

1. Hóa đơn thay thế khác kỳ kê khai vào thời gian nào? 

Khi hóa đơn thay thế được lập khác kỳ với hóa đơn gốc, kế toán cần xác định kỳ kê khai căn cứ vào loại hóa đơn, tình trạng kê khai trước đó và ảnh hưởng của sai sót đến nghĩa vụ thuế. Cụ thể về các trường hợp cần kê khai như sau:

• Kê khai bổ sung kỳ gốc: Áp dụng với trường hợp hóa đơn sai sót làm thay đổi doanh thu, thuế GTGT phải nộp hoặc các chỉ tiêu thuế đã kê khai thuộc diện phải khai bổ sung theo quy định
• Điều chỉnh tại kỳ phát hiện sai sót: Áp dụng đối với trường hợp điều chỉnh số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, nếu đáp ứng điều kiện thuộc trường hợp được xử lý tại kỳ phát hiện sai sót theo quy định hiện hành
• Không phải khai bổ sung tờ khai thuế GTGT: Đối với sai sót không làm thay đổi các chỉ tiêu kê khai thuế, kế toán cần xác định cách xử lý hóa đơn theo tính chất sai sót và quy định liên quan, không mặc nhiên khai bổ sung kỳ gốc

2. Hướng dẫn cách kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ theo quy định mới 

Từ ngày 01/07/2026, việc kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ được thực hiện theo quy định của Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Phụ lục II được ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC và khoản 6 điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. 

Cụ thể như sau:

• Trường hợp hóa đơn có sai sót liên quan đến tờ khai thuế GTGT: Phải kê khai điều chỉnh, bổ sung hóa đơn thay thế vào kỳ tính thuế có sai sót (Ví dụ các chỉ tiêu từ 26 đến 36 trên tờ khai 01/GTGT tùy theo mức thuế suất thuế GTGT đối với bên bán, hoặc [23], [24], [25] trên tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT đối với bên mua)
• Trường hợp hóa đơn có sai sót mà không liên quan đến tờ khai thuế GTGT: Không thay đổi giá trị của tờ khai do đó không phải kê khai điều chỉnh bổ sung và chỉ kê khai vào kỳ phát sinh nghĩa vụ thuế (Ví dụ như sai mã số thuế, ngày tháng, tên hàng hóa, đơn vị tính, số tiền viết bằng chữ)

3. Lưu ý khi kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ

Khi kê khi hóa đơn thay thế khác kỳ, doanh nghiệp cần xác định đúng kỳ tính thuế, phân biệt trường hợp phải khai bổ sung với trường hợp không làm thay đổi số liệu thuế và kiểm tra đầy đủ thông tin trên hóa đơn.

Cụ thể như sau:

• Phân biệt sai sót có ảnh hưởng đến tờ khai thuế GTGT: Nếu sai sót làm thay đổi các chỉ tiêu doanh thu, thuế GTGT đầu ra hoặc thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, kế toán cần xác định nghĩa vụ khai bổ sung hoặc điều chỉnh theo quy định. Nếu sai sót không làm thay đổi các chỉ tiêu thuế, không mặc nhiên phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
• Không kê khai trùng hóa đơn gốc và hóa đơn thay thế: Khi kê khai hóa đơn thay thế, cần kiểm tra trạng thái của hóa đơn gốc để tránh ghi nhận đồng thời cả hai hóa đơn, dẫn đến sai lệch doanh thu, chi phí hoặc số thuế GTGT.
• Phân biệt nghĩa vụ của bên bán và bên mua: Bên bán cần kiểm tra doanh thu, thuế GTGT đầu ra; bên mua cần kiểm tra giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào và số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ. Phương án kê khai của hai bên có thể khác nhau tùy trường hợp.
• Kiểm tra các chỉ tiêu trên hồ sơ khai bổ sung: Khi phải khai bổ sung, kế toán cần xác định đúng kỳ tính thuế, chỉ tiêu bị sai và số chênh lệch cần điều chỉnh; đồng thời thực hiện các nghĩa vụ thuế phát sinh nếu có.
• Đối chiếu hóa đơn với chứng từ kế toán: Sau khi kê khai, cần kiểm tra sự thống nhất giữa hóa đơn thay thế, hợp đồng, biên bản giao nhận, chứng từ thanh toán, sổ kế toán và tờ khai thuế GTGT để bảo đảm số liệu được ghi nhận chính xác.
• Cập nhật quy định pháp luật hiện hành: Khi xử lý hóa đơn thay thế khác kỳ, kế toán cần đối chiếu quy định về hóa đơn điện tử có sai sót và khai bổ sung hồ sơ khai thuế đang có hiệu lực tại thời điểm thực hiện, tránh áp dụng máy móc hướng dẫn cũ cho các trường hợp có quy định riêng.

Kết luận 

Kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ cần căn cứ vào tính chất sai sót, ảnh hưởng đến các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT và quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Kế toán cần xác định đúng kỳ tính thuế, phân biệt trường hợp phải khai bổ sung với trường hợp không làm thay đổi số liệu thuế, đồng thời đối chiếu hóa đơn thay thế với chứng từ kế toán để tránh kê khai trùng hoặc sai lệch nghĩa vụ thuế. Chủ động cập nhật quy định pháp luật hiện hành và kiểm tra kỹ hồ sơ trước khi nộp sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro trong quá trình kê khai thuế.

Phần mềm kế toán MISA cho phép kế toán khai thuế nhanh chóng và chính xác nhờ trợ lý ảo MISA AVA. Kế toán chỉ cần nhập lệnh hoặc yêu cầu, hệ thống sẽ tự động tổng hợp số liệu từ sổ sách và lập tờ khai đúng biểu mẫu.

Bên cạnh đó, phần mềm còn có nhiều tính năng hỗ trợ nổi bật có thể kể đến như:

• AI phát hiện và cảnh báo sai sót chứng từ giúp tránh kê khai sai ngay từ đầu
• Tự động lập tờ khai và hỗ trợ kê khai điều chỉnh khác kỳ, phù hợp với quy định mới nhất
• Trợ lý ảo AVA tư vấn quy trình điều chỉnh thuế, cá nhân hóa theo từng trường hợp
• Tự động cập nhật luật thuế, biểu mẫu, thời hạn khai bổ sung giúp kế toán luôn theo kịp thay đổi