Ngoài ra, phần mềm còn có nhiều tính năng, tiện ích hỗ trợ kế toán như: dự báo dòng tiền thu, chi và số dư tài khoản ngân hàng trong tương lai, tham chiếu đến các chứng từ mua hàng, bán hàng
1. Đáp ứng đầy đủ các nghiệp vụ thu, chi tiền gửi ngân hàng: Thu tiền bán hàng, Thu tiền nợ của khách hàng, Thu hoàn thuế, Thu khác, Chi tiền mua hàng, Chi trả nợ nhà cung cấp, Chi tiền nộp thuế, Chi khác,…qua các hình thức chuyển khoản, ebanking, thẻ tín dụng. Đặc biệt phần mềm cho phép lập chứng từ thu tiền của nhiều khách hàng theo nhiều hóa đơn trên cùng một chứng từ thu tiền hoặc lập chứng từ chi trả tiền nhà cung cấp cho nhiều hóa đơn mua hàng cùng lúc.
2. Cho phép kế toán tự tải mẫu Ủy nhiệm chi, Ủy nhiệm thu mới nhất của các ngân hàng về đưa vào phần mềm để sử dụng, in trực tiếp Ủy nhiệm thu, Uỷ nhiệm chi theo mẫu mới nhất từ phần mềm.
3. Theo dõi, quản lý và hạch toán các nghiệp vụ Thu, Chi tiền của nhiều tài khoản ngân hàng khác nhau.
4. Đặc biệt, phần mềm có chức năng hỗ trợ kế toán đối chiếu chứng từ Thu, Chi với Sổ phụ ngân hàng để phát hiện chênh lệch giúp kế toán tiết kiệm được nhiều thời gian trong việc kiểm tra, đối chiếu, đảm bảo tính chính xác và cân đối số dư từng tài khoản ngân hàng.
5. Phần mềm đáp ứng tốt cho các doanh nghiệp có nhu cầu theo dõi và hạch toán các nghiệp vụ thu, chi tiền gửi theo nhiều loại ngoại tệ (USD, EUR, JPY,…). Phần mềm sẽ tự động tính giá xuất quỹ và cho phép kế toán xử lý chênh lệch tỷ giá vào cuối kỳ.
6. Quản lý chứng thu tiền, chi tiền trên cùng một danh sách giúp kế toán dễ dàng xem ngay số dư tài khoản tiền gửi của một tài khoản ngân hàng nào đó bất cứ thời điểm nào mà không cần vào sổ tiền gửi để xem.
7. MISA SME.NET cung cấp đầy đủ các Sổ tiền gửi, Sổ chi tiết tiền gửi theo đúng quy định của chế độ kế toán hiện hành
8. Dự báo dòng tiền thu, chi trong tương lai giúp doanh nghiệp tối ưu vòng quay vốn. Căn cứ vào các khoản phải thu, phải trả phần mềm sẽ giúp Giám đốc và kế toán biết được số tồn tiền gửi ngân hàng dự kiến tại một thời điểm trong tương lai để có những quyết định đầu tư, cho vay hoặc trì hoãn nợ phải trả.