Khấu trừ thuế là gì? Điều kiện, nguyên tắc và các trường hợp được khấu trừ thuế doanh nghiệp cần biết

Khấu trừ thuế là một trong những nội dung được doanh nghiệp đặc biệt quan tâm bởi ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế phải nộp. Tuy nhiên, không phải mọi khoản thuế đầu vào đều được khấu trừ. Doanh nghiệp cần đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hóa đơn, chứng từ thanh toán và mục đích sử dụng hàng hóa, dịch vụ theo quy định pháp luật.

Bài viết dưới đây phần mềm kế toán MISA SME sẽ giúp doanh nghiệp hiểu rõ khấu trừ thuế là gì, nguyên tắc áp dụng, điều kiện được khấu trừ cũng như những lưu ý quan trọng để hạn chế rủi ro về thuế.

1. Khấu trừ thuế là gì?

Khấu trừ thuế là một thuật ngữ được sử dụng thường xuyên trong nghiệp vụ kế toán của doanh nghiệp. Về bản chất, khấu trừ thuế là việc trừ đi một khoản thuế đã nộp hoặc phải nộp khỏi số thuế phải đóng, nhằm tránh tình trạng đánh thuế hai lần và đảm bảo tính công bằng trong hệ thống thuế.

Có thể hiểu một cách đơn giản, khấu trừ thuế là phương pháp khấu trừ được áp dụng đối với các loại thuế hiện nay, theo đó chủ thể sẽ không trực tiếp đi nộp thuế, mà số tiền thuế sẽ được trừ vào các khoản chi phí mua hàng hoặc thu nhập của họ. Cơ chế này giúp việc thu thuế diễn ra ổn định, kịp thời, đồng thời giảm áp lực tài chính cho người nộp thuế.

2. Các loại khấu trừ thuế

Trong thực tế quản lý thuế tại Việt Nam, khấu trừ thuế được áp dụng đối với một số sắc thuế chủ yếu. Có các loại khấu trừ thuế như sau: khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (VAT), khấu trừ thuế doanh nghiệp. Cụ thể như sau:

• Khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT): Khấu trừ thuế GTGT là việc doanh nghiệp được trừ số thuế GTGT đầu vào (đã nộp khi mua hàng hóa, dịch vụ) khỏi số thuế GTGT đầu ra (thu được khi bán hàng hóa, dịch vụ) trước khi nộp thuế cho nhà nước.
• Khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN): Doanh nghiệp khấu trừ thuế từ lương người lao động trước khi nộp cho cơ quan thuế. Người lao động có thể giảm trừ gia cảnh, bảo hiểm xã hội, y tế.
• Khấu trừ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Doanh nghiệp trừ các chi phí hợp lý (lương, nguyên vật liệu, khấu hao…) trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Khấu trừ thuế tại nguồn: Một số khoản thu nhập bị khấu trừ thuế ngay khi chi trả, như thu nhập của doanh nghiệp nước ngoài tại Việt Nam.

3. Phân biệt khấu trừ thuế và hoàn thuế

Khấu trừ thuế và hoàn thuế đều là các cơ chế liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, tuy nhiên bản chất và cách thức thực hiện hoàn toàn khác nhau:

• Khấu trừ thuế là việc người nộp thuế được trừ số thuế đã nộp hoặc đã phát sinh ở khâu trước khỏi số thuế phải nộp ở khâu sau. Đối với thuế GTGT, doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về hóa đơn, chứng từ và thanh toán theo quy định.
• Hoàn thuế là việc cơ quan thuế hoàn trả lại cho người nộp thuế một khoản tiền thuế đã nộp vào ngân sách nhà nước khi thuộc các trường hợp được hoàn theo quy định của pháp luật. Ví dụ, doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong một số trường hợp đặc biệt hoặc doanh nghiệp xuất khẩu đáp ứng điều kiện hoàn thuế có thể được xem xét hoàn lại số thuế này.

Dưới đây là bảng so sánh chi tiết giữa khấu trừ thuế và hoàn thuế:

4. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

4.1. Khấu trừ thuế GTGT là gì?

Khấu trừ thuế GTGT là việc doanh nghiệp được trừ số thuế GTGT đầu vào phát sinh khi mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT khỏi số thuế GTGT đầu ra phải nộp cho Nhà nước.

Ví dụ:

Công ty A mua nguyên vật liệu với giá chưa thuế là 100 triệu đồng, thuế GTGT 10% tương ứng 10 triệu đồng. Sau đó, công ty sản xuất và bán sản phẩm với giá chưa thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT đầu ra là 20 triệu đồng.

Khi đó:

• Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ: 10 triệu đồng.
• Thuế GTGT đầu ra: 20 triệu đồng.
• Thuế GTGT phải nộp: 20 triệu đồng – 10 triệu đồng = 10 triệu đồng.

4.2. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần đáp ứng đồng thời các điều kiện theo quy định pháp luật. Theo các văn bản áp dụng cho năm 2026, doanh nghiệp cần lưu ý các điều kiện sau:

• Là cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định và thuộc nhóm đối tượng được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT.
• Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài.
• Điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Hàng hóa trên 5 triệu đồng từ 01/7/2025 phải chuyển khoản mới được khấu trừ thuế GTGT theo Nghị định 181 hướng dẫn Luật thuế GTGT.

Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài hóa đơn và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp cần bổ sung hợp đồng, tờ khai hải quan và các chứng từ liên quan theo quy định.

4.3. Các trường hợp được khấu trừ thuế GTGT

Theo khoản 1 Điều 14 Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong các trường hợp sau:

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, bao gồm cả phần thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ bị tổn thất và hàng hóa hao hụt tự nhiên do đặc tính lý hóa trong quá trình vận chuyển;
• Đối với hàng hóa, dịch vụ được sử dụng đồng thời cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT, cơ sở kinh doanh chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào tương ứng với hoạt động chịu thuế. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. Trường hợp không thể hạch toán riêng, số thuế được khấu trừ sẽ được xác định theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra;
• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn vốn viện trợ nhân đạo hoặc viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ;
• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ;
• Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng hoặc quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng hoặc quý đó. Trường hợp chưa khấu trừ hết trong kỳ thì được chuyển sang kỳ kê khai tiếp theo để tiếp tục khấu trừ.

Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào có sai sót, người nộp thuế được thực hiện khai bổ sung trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế như sau:

Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung tại tháng hoặc quý phát sinh sai sót nếu việc điều chỉnh làm tăng số thuế phải nộp hoặc làm giảm số thuế được hoàn. Khi đó, người nộp thuế phải nộp đủ số thuế tăng thêm hoặc hoàn trả số thuế đã được hoàn không đúng quy định, đồng thời nộp tiền chậm nộp (nếu có);

Người nộp thuế thực hiện kê khai tại tháng hoặc quý phát hiện sai sót nếu việc điều chỉnh làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm thay đổi số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau;

• Đối với khoản thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, ngoại trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của Chính phủ;
• Chính phủ quy định chi tiết việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các trường hợp: hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định phục vụ người lao động; góp vốn bằng tài sản; mua hàng hóa, dịch vụ theo hình thức ủy quyền mà hóa đơn đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền; tài sản cố định là ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống; cơ sở sản xuất, kinh doanh thực hiện sản xuất khép kín và hạch toán tập trung.

Kết luận

Khấu trừ thuế là một nghiệp vụ cốt lõi trong công tác kế toán thuế, giúp doanh nghiệp xác định chính xác nghĩa vụ tài chính, tránh tình trạng thu thuế trùng lặp và bảo đảm tính minh bạch trong quản lý. Việc nắm vững khái niệm, điều kiện và nguyên tắc khấu trừ, đặc biệt là khấu trừ thuế GTGT đầu vào, sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro bị loại chi phí, bị xử phạt hay vướng mắc khi quyết toán thuế.

Để thực hiện nghiệp vụ khấu trừ thuế nhanh chóng và hạn chế sai sót, doanh nghiệp có thể cân nhắc sử dụng phần mềm kế toán MISA SME với các tính năng hỗ trợ:

• Tự động lập chứng từ hạch toán khấu trừ thuế GTGT, tổng hợp số thuế GTGT đầu vào và đầu ra trong kỳ mà không phải tổng hợp thủ công.
• Kết nối trực tiếp với phần mềm hóa đơn điện tử, tự động hạch toán thuế GTGT từ hóa đơn đầu vào, đầu ra, giảm thao tác nhập liệu.
• Tự động lập tờ khai thuế GTGT, kết nối nộp tờ khai và nộp thuế điện tử cho cơ quan thuế.
• Cảnh báo các trường hợp hóa đơn không đủ điều kiện khấu trừ, giúp kế toán xử lý kịp thời trước khi kê khai.
• Cập nhật kịp thời các biểu mẫu, thuế suất và chính sách thuế GTGT theo quy định pháp luật.