Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp 2026: Hồ sơ, cách tính và thời hạn

Phụ lục	Nội dung
03-2/TNDN	Phụ lục chuyển lỗ
03-3A/TNDN	Phụ lục thuế TNDN được ưu đãi đối với thu nhập từ dự án đầu tư và doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế
Phụ lục giao dịch liên kết	Trường hợp doanh nghiệp thuộc diện phải kê khai giao dịch liên kết
Các phụ lục, tài liệu khác	Áp dụng tùy trường hợp phát sinh

Mẫu 03/TNDN và các phụ lục chỉ là bước cuối trong quy trình quyết toán; doanh nghiệp cần tổng hợp, đối chiếu chính xác số liệu kế toán, hóa đơn và báo cáo tài chính trước khi kê khai. Phần mềm kế toán MISA hỗ trợ tập trung dữ liệu, tự động tổng hợp và đối chiếu số liệu, giúp kế toán rút ngắn thời gian chuẩn bị hồ sơ và hạn chế sai sót khi quyết toán thuế TNDN.

4. Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp 

Hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm 2026 được lập tùy theo phương pháp tính thuế và tình hình thực tế của doanh nghiệp. Đối với doanh nghiệp áp dụng phương pháp doanh thu – chi phí, hồ sơ quyết toán chủ yếu gồm tờ khai quyết toán thuế TNDN, các phụ lục liên quan và báo cáo tài chính năm. Từ 01/07/2026, hồ sơ thực hiện theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Cụ thể, doanh nghiệp cần chuẩn bị các tài liệu như sau:

• Tờ khai quyết toán thuế TNDN – Mẫu 03/TNDN
• Phụ lục chuyển lỗ – Mẫu 03-2/TNDN
• Phụ lục ưu đãi thuế TNDN – Mẫu 03-3A/TNDN
• Phụ lục ưu đãi thuế TNDN – Mẫu 03-3C/TNDN
• Báo cáo tài chính năm
• Báo cáo kiểm toán BCTC
• Phụ lục giao dịch liên kết
• Các tài liệu liên quan khác

5. Cách tính thuế TNDN khi quyết toán 

Khi quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp cần xác định thu nhập tính thuế trên cơ sở doanh thu, thu nhập, chi phí được trừ, các khoản thu nhập miễn thuế và số lỗ được kết chuyển theo quy định. Sau khi xác định được thu nhập tính thuế, doanh nghiệp áp dụng thuế suất TNDN tương ứng để tính số thuế phải nộp trong năm.

Công thức tính thuế TNDN phải nộp như sau:

Thuế TNDN phải nộp = Thu nhập tính thuế × Thuế suất thuế TNDN

Trong đó:

Thu nhập tính thuế = Thu nhập chịu thuế – Thu nhập được miễn thuế – Các khoản lỗ được kết chuyển theo quy định

Và

Thu nhập chịu thuế = Doanh thu – Chi phí được trừ + Thu nhập khác

Ví dụ minh họa:

Giả sử trong năm, doanh nghiệp có:

• Doanh thu: 10 tỷ đồng.
• Chi phí được trừ: 7 tỷ đồng.
• Thu nhập khác: 200 triệu đồng.
• Thu nhập được miễn thuế: 100 triệu đồng.
• Lỗ được chuyển từ các năm trước: 500 triệu đồng.

Khi đó:

Thu nhập chịu thuế = 10 tỷ – 7 tỷ + 200 triệu = 3,2 tỷ đồng

Thu nhập tính thuế = 3,2 tỷ – 100 triệu – 500 triệu = 2,6 tỷ đồng

Nếu doanh nghiệp áp dụng thuế suất 20%, số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán là:

2,6 tỷ × 20% = 520 triệu đồng

Trường hợp doanh nghiệp đã tạm nộp thuế TNDN trong năm 400 triệu đồng, số thuế còn phải nộp sau quyết toán là:

520 triệu – 400 triệu = 120 triệu đồng.

6. Quy trình quyết toán thuế TNDN từ A – Z

Để thực hiện quyết toán thuế TNDN chính xác, doanh nghiệp cần hoàn thiện số liệu kế toán, lập và kiểm tra báo cáo tài chính trước khi lập tờ khai quyết toán. Có thể thực hiện theo 4 bước dưới đây:

Bước 1: Kiểm tra và rà soát số liệu trước khi lập báo cáo tài chính

Trước tiên, kế toán cần kiểm tra, đối chiếu toàn bộ số liệu kế toán phát sinh trong năm để đảm bảo dữ liệu đầy đủ và chính xác. Một số nội dung cần rà soát gồm:

• Doanh thu và các khoản thu nhập phát sinh trong năm.
• Các khoản chi phí và chứng từ liên quan.
• Công nợ phải thu, phải trả.
• Hàng tồn kho, tài sản cố định và chi phí khấu hao.
• Các khoản thuế đã kê khai, đã nộp trong năm.
• Số lỗ còn được chuyển từ các năm trước.
• Hóa đơn, chứng từ và hồ sơ kế toán liên quan.

Việc rà soát ngay từ bước đầu giúp hạn chế sai lệch giữa sổ kế toán, báo cáo tài chính và hồ sơ quyết toán thuế sau này.

Bước 2: Lập bộ báo cáo tài chính theo quy định

Sau khi hoàn tất việc kiểm tra số liệu, doanh nghiệp tiến hành lập bộ báo cáo tài chính năm theo chế độ kế toán mà doanh nghiệp đang áp dụng.

Báo cáo tài chính là cơ sở quan trọng để xác định kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh và thực hiện quyết toán thuế TNDN. Vì vậy, doanh nghiệp cần đảm bảo số liệu trên báo cáo tài chính được lập đầy đủ, chính xác và thống nhất với hệ thống sổ sách kế toán.

Bước 3: Kiểm tra báo cáo tài chính và rà soát rủi ro thuế

Sau khi lập xong báo cáo tài chính, kế toán cần kiểm tra lại các số liệu và đánh giá những rủi ro có thể ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế TNDN.

Đặc biệt, cần rà soát các khoản chi phí để xác định:

• Khoản chi đáp ứng điều kiện được trừ khi tính thuế TNDN.
• Khoản chi không đáp ứng điều kiện và phải loại khi quyết toán.
• Các khoản thu nhập được miễn thuế, nếu có.
• Số lỗ được chuyển theo quy định.
• Các khoản điều chỉnh giữa lợi nhuận kế toán và thu nhập chịu thuế.
• Số thuế TNDN đã tạm nộp trong năm.

Sau bước này, doanh nghiệp chốt số liệu báo cáo làm cơ sở lập tờ khai quyết toán thuế TNDN. Đây cũng là bước quan trọng giúp doanh nghiệp phát hiện và xử lý các sai sót trước khi gửi hồ sơ đến cơ quan thuế.

Bước 4: Kê khai và nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN

Khi số liệu đã được kiểm tra và chốt, kế toán tiến hành lập tờ khai quyết toán thuế TNDN Mẫu 03/TNDN cùng các phụ lục liên quan nếu thuộc trường hợp phải lập.

Sau khi hoàn thiện hồ sơ, doanh nghiệp thực hiện gửi hồ sơ quyết toán theo phương thức quy định và theo dõi thông báo tiếp nhận, xử lý hồ sơ của cơ quan thuế.

Nếu phát sinh số thuế TNDN còn phải nộp sau quyết toán, doanh nghiệp cần thực hiện nộp đủ số thuế còn thiếu và tiền chậm nộp nếu có.

7. Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp chậm có bị phạt không? 

Có. Doanh nghiệp nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN quá thời hạn quy định có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế. Mức phạt được xác định dựa trên số ngày chậm nộp và một số trường hợp đặc thù theo quy định tại Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 16/01/2026.

Mức phạt khi chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN của doanh nghiệp như sau:

Riêng trường hợp mức phạt từ 15 – 25 triệu đồng lớn hơn số thuế phát sinh trên hồ sơ khai thuế thì mức phạt tối đa được giới hạn theo quy định.

8. Lưu ý khi thực hiện quyết toán thuế TNDN 

Khi quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý việc phân loại chi phí được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Không phải mọi khoản chi phí được ghi nhận trên sổ kế toán đều được chấp nhận là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Các khoản chi phí được trừ khi tính thuế TNDN

• Chi phí thực tế phát sinh và liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
• Chi phí có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định.
• Khoản chi có giá trị từ mức phải thanh toán không dùng tiền mặt thì phải đáp ứng điều kiện về phương thức thanh toán theo quy định.
• Chi phí tiền lương, tiền công và các khoản phụ cấp nếu có đầy đủ hồ sơ, chứng từ và đáp ứng điều kiện để được tính vào chi phí được trừ.
• Chi phí khấu hao tài sản cố định phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh và đáp ứng điều kiện khấu hao theo quy định.
• Chi phí nguyên vật liệu, nhiên liệu, hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động kinh doanh, có đầy đủ chứng từ hợp pháp.
• Chi phí lãi vay đáp ứng điều kiện được trừ theo quy định của pháp luật thuế.
• Chi phí trích lập dự phòng thuộc các trường hợp được phép trích lập và thực hiện đúng quy định.
• Chi phí quảng cáo, tiếp thị, khuyến mại, hội nghị, công tác phí, đào tạo… nếu thực tế phát sinh, phục vụ hoạt động kinh doanh và có đủ hồ sơ, chứng từ.
• Các khoản thuế, phí, lệ phí và các khoản chi khác được pháp luật thuế cho phép tính vào chi phí được trừ.

Các khoản chi phí không được trừ khi tính thuế TNDN

• Khoản chi không liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
• Khoản chi không có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định.
• Khoản chi thuộc trường hợp phải thanh toán không dùng tiền mặt nhưng doanh nghiệp thanh toán bằng tiền mặt.
• Tiền phạt do vi phạm hành chính, như phạt vi phạm giao thông, phạt vi phạm pháp luật về thuế và các khoản phạt hành chính khác.
• Khoản chi đã được bù đắp bằng nguồn kinh phí khác theo quy định.
• Phần chi phí khấu hao tài sản cố định không đáp ứng điều kiện để được trích khấu hao theo quy định.
• Chi phí tiền lương, tiền công đã hạch toán nhưng thực tế không chi trả hoặc không có đầy đủ hồ sơ chứng minh theo quy định.
• Khoản trích lập dự phòng không đúng đối tượng, vượt mức hoặc không đúng điều kiện theo quy định.
• Phần chi lãi tiền vay tương ứng với phần vốn điều lệ còn thiếu theo tiến độ góp vốn.
• Chi phí lãi vay vượt mức khống chế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết theo quy định.
• Các khoản chi tài trợ, ủng hộ không thuộc trường hợp được pháp luật thuế cho phép.
• Các khoản chi khác không đáp ứng điều kiện về tính thực tế, mục đích sử dụng, hóa đơn, chứng từ hoặc phương thức thanh toán theo quy định.

Kết luận 

MISA AMIS Kế toán hỗ trợ doanh nghiệp quản lý tập trung số liệu, hóa đơn và báo cáo, giúp kế toán dễ dàng kiểm tra, đối chiếu và tổng hợp dữ liệu trước kỳ quyết toán, giảm thao tác thủ công và hạn chế sai sót. Trải nghiệm miễn phí 15 ngày để chủ động chuẩn bị dữ liệu và kiểm soát số liệu kế toán hiệu quả hơn.

Lưu ý: Nội dung bài viết được biên soạn dựa trên quy định pháp luật hiện hành tại thời điểm đăng tải, nhằm mục đích cung cấp thông tin tham khảo, không thay thế hoàn toàn tư vấn pháp lý, thuế hoặc kế toán chuyên biệt cho từng trường hợp cụ thể. Do quy định pháp luật có thể thay đổi hoặc áp dụng khác nhau tùy tình huống thực tế, MISA khuyến nghị người đọc đối chiếu văn bản pháp luật gốc (MISA có đính kèm căn cứ pháp lý gốc ở trên bài viết) hoặc liên hệ cơ quan thuế/chuyên gia tư vấn trước khi áp dụng. MISA không chịu trách nhiệm đối với thiệt hại phát sinh từ việc áp dụng thông tin trong bài viết mà không có sự xác minh phù hợp.