Khấu trừ thuế GTGT là gì? Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào mới nhất

Từ ngày 01/7/2025, Luật Thuế Giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 chính thức có hiệu lực, thay thế Luật Thuế GTGT 2008, mang đến nhiều thay đổi quan trọng trong điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp. Để thực hiện đúng quy định, kế toán cần nắm rõ khái niệm, đối tượng áp dụng, điều kiện khấu trừ và các trường hợp đặc biệt theo căn cứ pháp lý mới. Bài viết dưới đây phần mềm kế toán MISA SME sẽ tổng hợp đầy đủ các nội dung về khấu trừ thuế GTGT theo quy định mới nhất để doanh nghiệp tham khảo.

1. Căn cứ pháp lý về khấu trừ thuế GTGT mới nhất

Việc khấu trừ thuế GTGT hiện nay được thực hiện dựa trên các văn bản pháp luật sau:

• Luật Thuế Giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 ngày 26/11/2024, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2025, thay thế Luật Thuế GTGT 2008.
• Luật số 149/2025/QH15 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15.
• Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.
• Nghị định 359/2025/NĐ-CP ngày 31/12/2025 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
• Thông tư 69/2025/TT-BTC ngày 01/7/2025 của Bộ Tài chính hướng dẫn chi tiết Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
• Nghị định 52/2024/NĐ-CP ngày 15/5/2024 của Chính phủ về thanh toán không dùng tiền mặt.

2. Khấu trừ thuế GTGT là gì?

Khấu trừ thuế GTGT là việc doanh nghiệp tính số thuế GTGT phải nộp dựa trên cơ sở lấy số thuế GTGT đầu ra trừ đi số thuế GTGT đầu vào.

Công thức xác định:

Trong đó:

• Thuế GTGT đầu ra: Là tổng số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn GTGT.
• Thuế GTGT đầu vào: Là tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế GTGT của hàng hóa nhập khẩu dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

3. Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT

Theo quy định tại Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, phương pháp khấu trừ thuế GTGT áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, bao gồm:

• Cơ sở kinh doanh có doanh thu hằng năm từ bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ từ 01 tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh
• Cơ sở kinh doanh tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh.
• Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí và khai thác dầu khí nộp thuế theo phương pháp khẩu trừ thuế do bên Việt Nam kê khai, khấu trừ, nộp thay.
• Chi nhánh mới thành lập của doanh nghiệp đang nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế (bao gồm cả chỉ nhánh được thành lập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp) thuộc trường hợp khai thuế giá trị gia tăng riêng theo quy định của pháp luật về quản lý thuế thì xác định phương pháp tính thuế của chỉ nhánh theo phương pháp tỉnh thuế của doanh nghiệp đang hoạt động.

Lưu ý: Phương pháp khấu trừ thuế chỉ áp dụng đổi với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ.

4.  Điều kiện khấu trừ thuế GTGT

Theo Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

4.1. Có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào

• Đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào trong nước: Phải có hóa đơn GTGT hợp pháp do bên bán phát hành.
• Đối với hàng hóa nhập khẩu: Phải có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.
• Đối với hàng hóa, dịch vụ mua của tổ chức, cá nhân nước ngoài: Phải có chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

4.2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Đây là thay đổi cốt lõi so với quy định cũ:

• Cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT), thay vì mức 20 triệu đồng như quy định cũ.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt là chứng từ chứng minh việc thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của Nghị định số 52/2024/NĐ-CP ngày 15/5/2024 của Chính phủ về thanh toán không dùng tiền mặt, trừ các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán.
• Các hình thức thanh toán hợp lệ bao gồm: chuyển khoản qua ngân hàng, séc, ủy nhiệm chi, lệnh chi, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, ví điện tử và các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt khác theo quy định.

4.3. Bổ sung chứng từ khấu trừ đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

Tại khoản 2 Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024, để được khấu trừ GTGT đầu vào, hàng hóa dịch vụ xuất khẩu phải có phiếu đóng gói, vận đơn và chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có), trừ một số trường hợp đặc thù.

4.4. Các trường hợp đặc thù được coi là thanh toán không dùng tiền mặt

Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các trường hợp sau được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

• Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng (được quy định cụ thể trong hợp đồng) thì phải có xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ.
• Trường hợp bù trừ công nợ qua bên thứ ba phải có biên bản bù trừ công nợ của ba bên làm căn cứ khấu trừ thuế.
• Trường hợp thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba: Việc ủy quyền thanh toán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng bằng văn bản và bên thứ ba là pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động hợp pháp.
• Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được ủy quyền cho cá nhân là người lao động của cơ sở kinh doanh thanh toán không dùng tiền mặt theo quy chế tài chính hoặc quy chế nội bộ của cơ sở kinh doanh, sau đó cơ sở kinh doanh thanh toán lại cho người lao động bằng hình thức thanh toán không dùng tiền mặt thì được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

5. Các trường hợp đặc biệt khi khấu trừ thuế GTGT đầu vào

 Mua hàng hóa, dịch vụ trả chậm, trả góp

• Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 05 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.
• Trường hợp sau khi điều chỉnh, cơ sở kinh doanh có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Mua hàng nhiều lần trong cùng một ngày

Theo quy định tại khoản 3 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một người nộp thuế có giá trị dưới 5 triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong ngày có tổng giá trị từ 5 triệu trở lên thì chỉ khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Hàng hóa, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ

Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên nhưng được thanh toán bù trừ công nợ thì vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, kèm theo biên bản đối chiếu công nợ có xác nhận của hai bên theo quy định.

Kết luận

Trên đây là tổng hợp các nội dung về khấu trừ thuế GTGT theo quy định mới nhất tại Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, Nghị định 181/2025/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung có hiệu lực từ ngày 01/7/2025. Việc giảm ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt từ 20 triệu xuống còn 5 triệu đồng đặt ra yêu cầu cao hơn về kiểm soát chứng từ và hồ sơ thanh toán. Doanh nghiệp cần nắm vững các quy định này để thực hiện kê khai, khấu trừ thuế đúng quy định, tránh các rủi ro khi quyết toán thuế.

Để hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện công tác kế toán thuế GTGT hiệu quả trong bối cảnh quy định mới, phần mềm kế toán MISA SME cung cấp các tính năng:

• Tự động nhập liệu hóa đơn mua hàng, bán hàng, nhập khẩu dữ liệu từ excel giúp rút ngắn thời gian nhập liệu, tránh sai sót.
• Tự động hạch toán thuế GTGT đầu vào, đầu ra theo từng nghiệp vụ phát sinh.
• Lập tờ khai thuế GTGT tự động theo mẫu biểu mới nhất của cơ quan thuế, kết xuất XML để nộp trực tiếp.
• Theo dõi và quản lý chứng từ thanh toán theo từng hóa đơn, từng nhà cung cấp, hỗ trợ doanh nghiệp đáp ứng yêu cầu siết chặt về thanh toán không dùng tiền mặt.

• Tự động hóa việc lập báo cáo: Tự động tổng hợp số liệu lên báo cáo thuế, báo cáo tài chính và các sổ sách giúp doanh nghiệp nộp báo cáo kịp thời, chính xác.

Đăng ký dùng thử phần mềm kế toán miễn phí tại đây: