Doanh nghiệp bán hàng vào khu chế xuất có chịu thuế GTGT không?

Bán hàng vào khu chế xuất có chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) hay không là thắc mắc phổ biến của nhiều doanh nghiệp khi thực hiện giao dịch với khu vực kinh tế đặc biệt này. Việc hiểu rõ quy định thuế GTGT không chỉ giúp doanh nghiệp kê khai đúng quy định pháp luật mà còn tối ưu chi phí, hạn chế rủi ro về thuế và nâng cao hiệu quả quản lý tài chính. Cùng phần mềm kế toán MISA SME tìm hiểu chi tiết vấn đề này qua bài viết dưới đây.

1. Khu chế xuất là gì? 

Khu chế xuất là khu công nghiệp chuyên biệt, tập trung vào sản xuất, cung cấp dịch vụ phục vụ sản xuất hàng hóa xuất khẩu và các hoạt động xuất khẩu, có ranh giới địa lý rõ ràng, được thành lập hoặc cho phép thành lập bởi cơ quan nhà nước.

Khu chế xuất được xếp vào nhóm khu phi thuế quan, và quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng để xác định chính sách thuế GTGT khi doanh nghiệp nội địa bán hàng vào khu chế xuất

2. Bán hàng vào khu chế xuất có chịu thuế GTGT không?

Tại khoản 20, Điều 5 Luật thuế GTGT 2024 quy định về đối tượng không chịu thuế như sau:

Điều 5. Đối tượng không chịu thuế

20. Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài; hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Hàng hóa nhập khẩutừ nước ngoài của công ty cho thuê tài chính được vận chuyển thẳng vào khu phi thuế quanđể cho doanh nghiệp trong khu phi thuế quan thuê tài chính.

Bên cạnh đó, tại Điều 9 Luật thuế GTGT 2024 cũn quy định về thuế suất 0% như sau:

Điều 9. Thuế suất

1. Mức thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ sau đây:

a) Hàng hóa xuất khẩu bao gồm: hàng hóa từ Việt Nam bán cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; hàng hóa từ nội địa Việt Nam bán cho tổ chức trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu; hàng hóa đã bán tại khu vực cách ly cho cá nhân (người nước ngoài hoặc người Việt Nam) đã làm thủ tục xuất cảnh; hàng hóa đã bán tại cửa hàng miễn thuế;

b) Dịch vụ xuất khẩu bao gồm: dịch vụ cung cấp trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; dịch vụ cung cấp trực tiếp cho tổ chức ở trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu;

Như vậy, bán hàng cho các doanh nghiệp trong khu chế xuất thì được áp dụng thuế suất 0% nếu doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ điều kiện về hồ sơ, chứng từ theo quy định pháp luật.

Doanh nghiệp cần lưu ý các điều kiện về hồ sơ, chứng từ để được áp dụng đúng thuế suất GTGT 0% đối với hàng hóa bán vào khu chế xuất.

• Trường hợp doanh nghiệp không có tờ khai hải quan theo quy định, giao dịch bán hàng vào khu chế xuất sẽ không đủ điều kiện áp dụng thuế suất 0%. Khi đó, doanh nghiệp phải kê khai và tính thuế GTGT theo mức thuế suất thông thường 10%, đồng thời vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ.
• Ngược lại, nếu doanh nghiệp có đầy đủ tờ khai hải quan nhưng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng, hàng hóa bán vào khu chế xuất vẫn được lập hóa đơn với thuế suất GTGT 0%. Tuy nhiên, phần thuế GTGT đầu vào liên quan đến giao dịch này sẽ không được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT theo quy định.

3. Điều kiện áp dụng thuế suất 0% khi bán hàng vào khu chế xuất

Theo Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC, để được áp dụng thuế suất 0%, doanh nghiệp bán hàng vào khu chế xuất phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Có hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu (đối với trường hợp bán, gia công); hợp đồng ủy thác xuất khẩu (đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu). Hợp đồng phải thể hiện rõ thông tin bên mua là doanh nghiệp trong khu chế xuất/khu phi thuế quan, mục đích sử dụng phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu.
• Tờ khai hải quan: Doanh nghiệp phải có tờ khai hải quan theo đúng quy định của pháp luật về hải quan, áp dụng cho hình thức xuất khẩu tại chỗ vào khu chế xuất.
• Chứng từ bổ sung: Các chứng từ như phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm (nếu có) cũng được bổ sung làm căn cứ khấu trừ thuế đầu vào cho hàng hóa xuất khẩu, theo quy định mới tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, mọi giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) đều phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế.
  • Ngưỡng 5 triệu đồng được tính theo tổng thanh toán trên từng hóa đơn, chứ không theo từng mặt hàng hay lần chi trả. Dù doanh nghiệp thanh toán chia nhỏ thành nhiều lần, nhưng nếu tổng giá trị một hóa đơn vượt 5 triệu đồng mà không có chứng từ thanh toán hợp lệ, thì toàn bộ thuế GTGT trên hóa đơn đó vẫn không đủ điều kiện khấu trừ.
  • Trường hợp mua hàng nhiều lần trong ngày từ cùng một nhà cung cấp có tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, tất cả các lần mua đều phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
  • Trường hợp sau khi thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền mặt có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế GTGT với phần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; phần thanh toán bằng tiền mặt không được khấu trừ thuế GTGT.

> Tìm hiểu chi tiết: Các mức thuế suất thuế GTGT theo quy định mới nhất

4. Cơ quan nào có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trong khu chế xuất?

Căn cứ Điều 27 Luật Đầu tư 2025 quy định về thẩm quyền cấp, điều chỉnh và thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư như sau:

Điều 27. Thẩm quyền cấp, điều chỉnh và thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

1. Ban quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung, khu kinh tế, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.

2. Sở Tài chính cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư ngoài khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.

…