Hướng dẫn kê khai bổ sung thuế GTGT mới nhất

Từ ngày 01/7/2026, quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế có nhiều điểm cần lưu ý theo Luật Quản lý thuế 2025. Bài viết dưới đây phần mềm kế toán MISA SME sẽ hướng dẫn chi tiết thời hạn nộp tờ khai bổ sung, nguyên tắc kê khai trên phần mềm HTKK, cách lập tờ khai bổ sung 01/KHBS, cách nộp online trên Cổng Dịch vụ công cũng như giải đáp các câu hỏi thường gặp liên quan đến kê khai bổ sung thuế GTGT.

1. Thời hạn nộp tờ khai kê khai bổ sung thuế GTGT từ ngày 01/7/2026

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được phép thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế phát sinh sai sót.

Việc khai bổ sung được thực hiện trong các trường hợp sau:

• Trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
• Hồ sơ khai thuế không thuộc phạm vi hoặc thời kỳ thanh tra, kiểm tra theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
• Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu tạm dừng khai bổ sung để phục vụ điều tra vụ án.

• Người nộp thuế phát hiện sai sót liên quan đến phạm vi hoặc thời kỳ đã được thanh tra, kiểm tra nhưng việc khai bổ sung làm phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế. Cơ quan thuế có trách nhiệm rà soát hồ sơ giải trình liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra của người nộp thuế, trường hợp chấp thuận hồ sơ giải trình của người nộp thuế thì cơ quan thuế ban hành thông báo chấp thuận cho người nộp thuế điều chỉnh hồ sơ khai thuế.

2. Nguyên tắc kê khai bổ sung thuế GTGT từ ngày 01/7/2026 trên phần mềm HTKK

Theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 và căn cứ thực tế thao tác trên phiên bản phần mềm HTKK mới nhất, việc kê khai bổ sung thuế giá trị gia tăng (GTGT) được thực hiện theo các nguyên tắc sau:

• Người nộp thuế phải hoàn thành việc nộp tờ khai chính thức trước khi lập tờ khai bổ sung. Trường hợp phát sinh nhiều lần bổ sung thì để lập tờ khai bổ sung lần thứ N, trước đó người nộp thuế phải hoàn thành và ghi nhận trên hệ thống tờ khai bổ sung lần thứ (N-1).
• Tại màn hình nhập kỳ tính thuế, người nộp thuế lựa chọn trạng thái tờ khai là “Tờ khai bổ sung”. Hệ thống sẽ cho phép nhập thông tin về số lần bổ sung, ngày lập tờ khai bổ sung và đính kèm các phụ lục liên quan.
• Ngày lập tờ khai bổ sung phải đảm bảo không vượt quá thời hạn 05 năm kể từ hạn nộp tờ khai chính thức theo quy định.
• Trường hợp tại tờ khai lần đầu hoặc các lần bổ sung trước đó người nộp thuế đã kê khai phụ lục nào thì khi lập tờ khai bổ sung, hệ thống sẽ tự động tích chọn các phụ lục tương ứng. Đồng thời, người nộp thuế vẫn có thể bổ sung thêm các phụ lục khác chưa kê khai trước đó nếu phát sinh nhu cầu điều chỉnh.
• Ứng dụng HTKK sẽ tự động lấy dữ liệu của tờ khai gần nhất trong cùng kỳ tính thuế để làm dữ liệu mặc định cho tờ khai điều chỉnh. Cụ thể:
  • Nếu là tờ khai bổ sung lần 1 thì hệ thống lấy dữ liệu từ tờ khai chính thức lần đầu;
  • Nếu là tờ khai bổ sung lần thứ N thì hệ thống sẽ lấy dữ liệu từ tờ khai bổ sung lần thứ (N-1).
• Người nộp thuế thực hiện nhập lý do điều chỉnh tại phụ lục 01-1/KHBS, sau đó kê khai trực tiếp các nội dung điều chỉnh trên tờ khai 01/KHBS. Sau khi hoàn tất, hệ thống sẽ tự động cập nhật các chỉ tiêu liên quan theo dữ liệu điều chỉnh bổ sung.

3. Cách kê khai bổ sung tờ khai thuế GTGT trên HTKK

Bước 1: Trong HTKK, chọn kỳ tính thuế có sai sót cần điều chỉnh → Nhấn Tờ khai bổ sung.

Bước 2: Thực hiện điều chỉnh các chỉ tiêu bị sai trên tờ khai thuế GTGT.

Sau khi cập nhật số liệu, phần mềm HTKK sẽ tự động lập Phụ lục giải trình khai bổ sung (KHBS) để thể hiện phần chênh lệch giữa tờ khai đã nộp trước đó và tờ khai điều chỉnh.

Bước 3: Nhập mã giao dịch điện tử tại tab “01/KHBS”

Sau khi điều chỉnh các chỉ tiêu sai sót trên tờ khai thuế GTGT bổ sung lần thứ nhất, kế toán cần nhập mã giao dịch điện tử của tờ khai đã nộp trước đó tại tab “Tờ khai bổ sung (01/KHBS)”.

Kế toán có thể tra cứu mã giao dịch bằng một trong các cách sau:

• Tra cứu trực tiếp trên hệ thống thuế điện tử.
• Kiểm tra email thông báo tiếp nhận hồ sơ khai thuế điện tử do cơ quan thuế gửi.

Lưu ý: Nếu chưa nhập mã giao dịch điện tử, khi chọn “Ghi”, phần mềm HTKK sẽ hiển thị cảnh báo yêu cầu bổ sung thông tin. Trường hợp không nhập mã này, doanh nghiệp vẫn có thể kết xuất và nộp tờ khai bổ sung, tuy nhiên dữ liệu giải trình trên KHBS có thể không được ghi nhận đầy đủ.

Bước 4: Chọn “Tổng hợp KHBS”

Sau khi hoàn tất việc nhập liệu và điều chỉnh số liệu:

• Nhấn nút “Tổng hợp KHBS” để hệ thống tự động cập nhật dữ liệu lên:
  • Tờ khai bổ sung mẫu 01/KHBS
  • Bản giải trình khai bổ sung mẫu 01-1/KHBS
• Sau đó chọn “Ghi” để lưu toàn bộ thay đổi.

Khi thao tác thành công, phần mềm sẽ hiển thị thông báo: “Tổng hợp dữ liệu lên KHBS thành công”. Kế toán chỉ cần bấm “Đóng” để hoàn tất bước tổng hợp dữ liệu.

Bước 5: Xác định kết quả kê khai bổ sung

Kết quả điều chỉnh sẽ được phản ánh trên tờ khai bổ sung mẫu 01/KHBS, đặc biệt tại phần: “Phần A – Xác định tăng/giảm số thuế phải nộp, số thuế được khấu trừ hoặc số thuế đề nghị hoàn”.

Một số chỉ tiêu quan trọng cần theo dõi gồm:

• Chỉ tiêu [10] – Tăng/giảm số thuế phải nộp: Hệ thống tự động lấy dữ liệu từ cột (7) của phụ lục giải trình mẫu 01-1/KHBS.
• Chỉ tiêu [12] – Tăng/giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ: Phần mềm tự động cập nhật từ chỉ tiêu [08] trên phụ lục 01-1/KHBS.

Ngoài ra, các nội dung liên quan đến thuế GTGT được khấu trừ tăng/giảm và thuế GTGT đề nghị hoàn điều chỉnh tăng/giảm cũng sẽ được HTKK tự động tính toán và hiển thị. Kế toán nên kiểm tra lại để đảm bảo số liệu chính xác.

Bước 6: Ghi lý do điều chỉnh bổ sung

Kế toán mở Bản giải trình khai bổ sung mẫu 01/KHBS và nhập nội dung giải trình tương ứng cho từng chỉ tiêu có thay đổi.

Theo quy định hiện hành tại Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp phải:

• Giải trình cụ thể cho từng chỉ tiêu điều chỉnh.
• Không ghi chung một lý do cho toàn bộ sai sót như trước đây.

Doanh nghiệp cần trình bày rõ nguyên nhân phát sinh sai sót để thuận tiện cho việc đối chiếu và kiểm tra sau này.

Bước 7: Kiểm tra và lưu dữ liệu

Sau khi hoàn tất phần giải trình:

• Chọn “Ghi” để lưu toàn bộ nội dung điều chỉnh.
• Hệ thống sẽ đồng thời lưu dữ liệu trên:
  • Tờ khai bổ sung 01/KHBS
  • Bản giải trình khai bổ sung 01-1/KHBS

Bước 8: Nộp tờ khai bổ sung qua hệ thống thuế điện tử

Cuối cùng, doanh nghiệp đăng nhập vào cổng thuế điện tử của cơ quan thuế để nộp hồ sơ khai bổ sung.

Sau khi đăng nhập:

• Chọn chức năng nộp tờ khai bổ sung.
• Tải file XML đã kết xuất từ HTKK lên hệ thống.
• Ký điện tử và gửi hồ sơ theo quy định.

4. Cách nộp bổ sung tờ khai thuế 01/GTGT online trên Dịch vụ Công

Dưới đây là hướng dẫn chi tiết cách nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT mẫu 01/GTGT thông qua Cổng Dịch vụ công của cơ quan thuế:

Bước 1: Truy cập Cổng Dịch vụ công của Tổng cục Thuế

Người nộp thuế truy cập vào website: https://dichvucong.gdt.gov.vn

Bước 2: Đăng nhập hệ thống

Tại giao diện chính, chọn “Đăng nhập” và tiến hành đăng nhập bằng một trong các phương thức sau:

• Tài khoản định danh điện tử;
• Tài khoản Thuế điện tử.

Sau đó chọn đối tượng đăng nhập là “Doanh nghiệp”.

Bước 3: Tìm kiếm thủ tục hành chính kê khai thuế

Tại mục “Tên/mã thủ tục hành chính”, nhập mã thủ tục: “1.008327″. Sau đó nhấn “Tìm kiếm”.

Hệ thống hiển thị danh sách thủ tục tương ứng, người nộp thuế chọn biểu tượng tại cột “Nộp hồ sơ” để tiếp tục.

Bước 4: Chọn tờ khai cần bổ sung

Người nộp thuế lựa chọn::Tờ khai 01/GTGT (Thông tư 80/2021/TT-BTC)”. Sau đó nhấn vào cột “Thao tác” tương ứng với kỳ kê khai cần thực hiện bổ sung.

Bước 5: Lựa chọn hình thức nộp hồ sơ

Hệ thống cho phép lựa chọn một trong hai hình thức:

• Kê khai trực tuyến;
• Nộp file XML.

Người nộp thuế lựa chọn phương thức phù hợp để tiếp tục thực hiện.

Bước 6: Kiểm tra thông tin tờ khai

Tiến hành rà soát lại các thông tin hiển thị trên tờ khai như:

• Kỳ kê khai;
• Loại tờ khai;
• Trạng thái kê khai bổ sung;
• Thông tin doanh nghiệp.

Bước 7: Nhập số liệu điều chỉnh bổ sung

Người nộp thuế thực hiện cập nhật lại các chỉ tiêu phát sinh điều chỉnh trên tờ khai bổ sung theo số liệu đúng.

Bước 8: Kiểm tra chênh lệch số liệu sau điều chỉnh

Sau khi kê khai bổ sung, cần đối chiếu các chỉ tiêu chênh lệch giữa tờ khai mới và tờ khai đã nộp trước đó, bao gồm:

• Số thuế GTGT phải nộp;
• Số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau;
• Số thuế điều chỉnh tăng/giảm.

Bước 9: Kiểm tra tiền chậm nộp (nếu có)

Người nộp thuế kiểm tra chỉ tiêu tiền chậm nộp phát sinh tại phụ lục 01/KHBS để xác định nghĩa vụ tài chính cần nộp bổ sung.

Bước 10: Rà soát toàn bộ nội dung kê khai

Trước khi gửi hồ sơ, doanh nghiệp cần kiểm tra lại toàn bộ thông tin kê khai nhằm đảm bảo:

• Đúng số liệu;
• Đúng kỳ tính thuế;
• Đúng nội dung điều chỉnh;
• Đầy đủ phụ lục kèm theo.

Bước 11: Ký điện tử và nộp tờ khai

Người nộp thuế thực hiện:

• Cắm chữ ký số (CKS);
• Nhập mã PIN/mật khẩu chữ ký số;
• Chọn “Ký và nộp tờ khai” để hoàn tất hồ sơ.

Bước 12: Nhận thông báo nộp hồ sơ thành công

Sau khi gửi thành công, hệ thống sẽ hiển thị thông báo xác nhận tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung. Người nộp thuế nên lưu lại biên nhận điện tử để phục vụ đối chiếu khi cần thiết.

5. Một số câu hỏi thường gặp về kê khai bổ sung thuế GTGT

Trong quá trình thực hiện kê khai bổ sung thuế giá trị gia tăng (GTGT), nhiều doanh nghiệp và kế toán thường gặp các vướng mắc liên quan đến thời hạn kê khai, mức xử phạt cũng như thủ tục nộp lại tờ khai. Dưới đây là một số câu hỏi thường gặp về kê khai bổ sung thuế GTGT theo quy định hiện hành:

1. Nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT trong trường hợp nào?

Người nộp thuế phải thực hiện nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT khi phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, bao gồm các trường hợp như:

• Kê khai sai doanh thu, thuế đầu ra;
• Kê khai thiếu hoặc sai hóa đơn đầu vào;
• Sai số thuế GTGT được khấu trừ;
• Sai chỉ tiêu trên tờ khai thuế;
• Kê khai nhầm kỳ tính thuế;
• Sai số thuế phải nộp hoặc số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế được quyền khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ phát sinh sai sót.

2. Nộp lại tờ khai thuế GTGT có bị phạt không?

Căn cứ khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Khoản 7 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 16/01/2026), trường hợp khai sai, người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định của pháp luật quản lý thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, cơ quan có thẩm quyền khác công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện.

3. Chậm nộp hồ sơ khai thuế khi nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế có bị xử phạt không?

Căn cứ khoản 3 Điều 9 Nghị định 126/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 1 Điều 1 Nghị định 373/2025/NĐ-CP – có hiệu lực từ 14/02/2026), có quy định như sau:

• Từ ngày 14/02/2026, trường hợp người nộp thuế không còn đáp ứng điều kiện khai thuế GTGT theo quý thì phải thực hiện chuyển sang kê khai theo tháng theo đúng quy định. Đồng thời, người nộp thuế có trách nhiệm nộp lại hồ sơ khai thuế theo tháng đối với các kỳ trước đã kê khai theo quý và thực hiện tính tiền chậm nộp phát sinh (nếu có), trừ trường hợp sai phạm được cơ quan thuế phát hiện thông qua hoạt động thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
• Tuy nhiên, đối với các hồ sơ khai thuế phải nộp lại do thay đổi kỳ kê khai từ quý sang tháng, người nộp thuế sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế. Trong trường hợp này, hồ sơ khai thuế theo tháng nộp lại được xem là hồ sơ thay thế cho hồ sơ khai thuế theo quý đã nộp trước đó.

4. Có thể khai bổ sung thuế GTGT nhiều lần không?

Người nộp thuế được phép khai bổ sung nhiều lần đối với cùng một kỳ tính thuế nếu tiếp tục phát hiện sai sót sau khi đã nộp tờ khai bổ sung trước đó.

Tuy nhiên:

• Tờ khai bổ sung lần sau phải căn cứ trên dữ liệu của lần bổ sung gần nhất;
• Các lần bổ sung phải được ghi nhận thành công trên hệ thống HTKK hoặc Cổng Dịch vụ công trước khi thực hiện lần tiếp theo.

5. Khai bổ sung thuế GTGT có phải nộp tiền chậm nộp không?

Trường hợp kê khai bổ sung làm phát sinh tăng số thuế phải nộp thì người nộp thuế phải nộp thêm số tiền thuế còn thiếu và tiền chậm nộp tính trên số thuế chậm nộp theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

Tiền chậm nộp được tính từ ngày tiếp theo ngày hết hạn nộp thuế của kỳ khai thuế gốc đến ngày người nộp thuế thực tế nộp đủ tiền vào ngân sách nhà nước.