Hạch toán tiền phạt chậm nộp thuế mới theo Thông tư 99/2025

Hạch toán tiền phạt chậm nộp thuế là nghiệp vụ kế toán quan trọng mà doanh nghiệp cần thực hiện đúng để đảm bảo tuân thủ quy định và hạn chế rủi ro khi quyết toán thuế. Tuy nhiên, nhiều kế toán vẫn nhầm lẫn giữa tiền chậm nộp, thuế bị truy thu và cách ghi nhận từng khoản trên sổ sách kế toán. Trong bài viết này của phần mềm quản lý kế toán MISA SME, bạn sẽ được hướng dẫn chi tiết cách hạch toán, nguyên tắc ghi nhận, mức tính tiền chậm nộp và các quy định mới nhất theo pháp luật hiện hành. 

1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp thuế từ ngày 01/07/2026

Chậm nộp thuế khiến doanh nghiệp phát sinh thêm các khoản tiền chậm nộp mà còn có thể ảnh hưởng đến quá trình quyết toán thuế, tăng nguy cơ rủi ro về tài chính.

Trên thực tế, có nhiều doanh nghiệp nhầm lẫn giữa việc nộp thuế quá hạn, khai bổ sung hồ sơ thuế, bị truy thu sau thanh tra dẫn đến hạch toán chưa chính xách. Do đó, kế toán cần phải xác định được đâu là trường hợp chậm nộp thuế để hạch toán tiền phạt chậm nộp và kê khai đúng với quy định.

Theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019, các trường hợp được xem là chậm nộp thuế bao gồm:

• Chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn được gia hạn, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, quyết định ấn định thuế hoặc quyết định xử lý của cơ quan thuế.
• Khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số thuế phải nộp hoặc bị cơ quan quản lý thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện khai thiếu số thuế phải nộp. Trong trường hợp này, người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp đối với phần thuế tăng thêm, tính từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai sót hoặc kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu (đối với hàng hóa xuất nhập khẩu).
• Khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế đã được hoàn hoặc bị cơ quan quản lý thuế, cơ quan có thẩm quyền phát hiện số tiền được hoàn thấp hơn số tiền đã hoàn. Khi đó, người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp đối với khoản thuế phải thu hồi, tính từ ngày nhận tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

Đây là 3 trường hợp phổ biến khiến doanh nghiệp phát sinh nghĩa vụ nộp tiền chậm nộp và phải hạch toán theo quy định. Tuy nhiên, từ ngày 01/7/2026, các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp sẽ được điều chỉnh theo Luật Quản lý thuế 2025 với phạm vi áp dụng rộng hơn. Cụ thể, tại khoản 1 điều 16 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế và các tổ chức, cá nhân liên quan phải nộp tiền chậm nộp trong các trường hợp sau đây:

• Chậm nộp tiền thuế hoặc các khoản thu khác so với thời hạn nộp hoặc thời hạn được gia hạn theo quy định tại điều 14 của Luật Quản lý thuế 2025
• Khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm phát sinh số thuế hoặc khoản thu khác phải nộp tăng thêm hoặc làm giảm số tiền đã được miễn, giảm, hoàn hoặc không thu trước đó
• Bị cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan Nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện sai sót, dẫn đến việc xác định số thuế hoặc khoản thu khác phải nộp cao hơn số đã kê khai, hoặc phát hiện số tiền đã được hoàn, miễn, giảm hoặc không thu lớn hơn mức thực tế được hưởng
• Được phép nộp dần tiền thuế nợ theo quy định tại khoản 6 điều 48 Luật Quản lý thuế 2025
• Thuộc trường hợp quy định tại khoản 8 điều 44 của Luật Quản lý thuế 2025
• Không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế theo quy định tại điểm a khoản 2 điều 44 đối với hành vi quy định tại khoản 2 điều 45 hoặc thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 điều 44 của Luật Quản lý thuế 2025. Mặc dù không bị xử phạt hành chính, người nộp thuế vẫn phải nộp tiền chậm nộp theo quy định
• Cơ quan, tổ chức được ủy nhiệm thu thuế hoặc được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước chậm nộp số tiền đã thu vào ngân sách thì phải nộp tiền chậm nộp đối với phần tiền nộp chậm.
• Cơ quan, tổ chức có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thuế thay cho người nộp thuế nhưng thực hiện không đầy đủ hoặc không đúng thời hạn theo quy định thì phải nộp tiền chậm nộp thay cho người nộp thuế.
• Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế được tổ chức tín dụng bảo lãnh số thuế phải nộp, việc tính và nộp tiền chậm nộp được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Lưu ý: Các quy định trên được áp dụng theo khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

2. Nguyên tắc hạch toán tiền chậm nộp 

Khi phát sinh tiền chậm nộp hoặc thuế bị truy thu, kế toán cần xác định đúng bản chất của từng khoản để lựa chọn cách hạch toán phù hợp. Mặc dù đều liên quan đến nghĩa vụ thuế, tiền chậm nộp thuế và thuế truy thu là hai nghiệp vụ kế toán khác nhau nên không được ghi nhận giống nhau.

Đối với tiền chậm nộp thuế, doanh nghiệp ghi nhận vào TK 811 – Chi phí khác theo quy định của chế độ kế toán hiện hành.

Đối với thuế bị truy thu, doanh nghiệp cần xem xét mức độ ảnh hưởng của khoản truy thu đến báo cáo tài chính:

• Nếu khoản truy thu không trọng yếu, doanh nghiệp có thể ghi nhận vào kỳ kế toán hiện hành
• Nếu khoản truy thu trọng yếu, doanh nghiệp phải thực hiện điều chỉnh hồi tố báo cáo tài chính theo quy định tại Chuẩn mực kế toán Việt Nam số 29 (VAS 29).

Việc phân loại đúng từng khoản phát sinh ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp hạch toán chính xác, phản ánh đúng tình hình tài chính và hạn chế sai sót trong quá trình quyết toán hoặc thanh tra thuế.

3. Cách hạch toán tiền chậm nộp thuế 

Thông tư 99/2025/TT-BTC quy định, nguyên tắc hạch toán các khoản liên quan đến tiền chậm nộp và truy thu thuế không có thay đổi về bản chất so với quy định trước đây. Doanh nghiệp vẫn áp dụng phương pháp hạch toán tương tự, đồng thời cần phân biệt đúng từng nghiệp vụ để ghi nhận chính xác trên sổ.

3.1 Các trường hợp phát sinh liên quan đến chậm nộp thuế

Khi phát sinh các khoản liên quan đến chậm nộp thuế, kế toán thường gặp 3 trường hợp như sau:

• Hạch toán tiền chậm nộp thuế (Tiền phạt do nộp thuế quá thời hạn)
• Hạch toán số tiền thuế bị truy thu do kê khai thiếu hoặc nộp thuế
• Hạch toán điều chỉnh số thuế bị truy thu trên sổ theo kết luận của cơ quan thuế

3.2 Cách hạch toán tiền chậm nộp thuế cho từng trường hợp 

Hạch toán tiền chậm nộp thuế

Phản ánh số tiền phạt chậm nộp, ghi

Nợ TK 811 – Trị giá tiền phạt khi nộp thuế chậm

Có TK 3339 – Trị giá tiền phạt khi nộp thuế chậm

Khi nộp tiền vào Ngân sách nhà nước, ghi

Nợ TK 3339 –  Trị giá tiền phạt khi nộp thuế chậm

Có các TK 111, 112 – Trị giá tiền phạt khi nộp thuế chậm

Cuối kỳ, thực hiện bút toán kết chuyển tiền chậm nộp thuế

Nợ TK 911 – Xác định kết quả kinh doanh

Có TK 811 – Chi phí khác

Hạch toán điều chỉnh số thuế bị truy thu trên sổ sách kế toán

Thuế GTGT truy thu thêm:

Nợ TK 4211 – Lợi nhuận chưa phân phối năm trước.

Có TK 3331 – Thuế GTGT phải nộp

Thuế TNDN truy thu thêm:

Nợ TK 4211 – Lợi nhuận chưa phân phối năm trước.

Có TK 3334 – Thuế TNDN phải nộp

Thuế Thu nhập cá nhân truy thu thêm:

Trường hợp khấu trừ vào tiền lương của người lao động kỳ này

Nợ TK 334 – Phải trả người lao động

Có TK 3335 – Thuế TNCN phải nộp

Trường hợp do công ty phải trả

Nợ TK 4211 – Lợi nhuận chưa phân phối năm trước.

Có TK 3335 – Thuế TNCN phải nộp

Hạch toán tiền thuế bị truy thu thêm (tiền thuế nộp thiếu) vào ngân sách nhà nước

Phản ánh Thuế TNDN phải nộp, ghi:

Nợ TK 8211 – Chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành

Có TK 3334 – Thuế thu nhập doanh nghiệp

Khi nộp tiền vào Ngân sách nhà nước, ghi:

Nợ TK 3334 – Thuế thu nhập doanh nghiệp

Có các TK 111, 112

Phản ánh Thuế GTGT phải nộp bổ sung, ghi:

Nợ TK 811 – Chi phí khác

Có TK 3331 – Thuế GTGT phải nộp

Khi nộp tiền vào Ngân sách nhà nước, ghi:

Nợ TK 3331 – Thuế GTGT phải nộp

Có các TK 111, 112

Việc hạch toán tiền chậm nộp thuế đã cần nhiều bước xử lý như vậy thì khi doanh nghiệp phát sinh hàng trăm chứng từ, hóa đơn và nhiều sắc thuế khác nhau mỗi tháng, nguy cơ sai sót sẽ càng lớn. Thay vì dành hàng giờ để nhập liệu, đối chiếu và kiểm tra số liệu thủ công, hãy sử dụng giải pháp của MISA để hỗ trợ tự động hóa quy trình và giúp bạn chủ động kiểm soát dữ liệu ngay từ đầu.

👉 Dùng thử miễn phí phần mềm kế toán MISA để trải nghiệm cách kế toán hiện đại làm việc nhanh hơn, chính xác hơn.

4. Tiền phạt chậm nộp thuế có được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN không? 

Tiền phạt chậm nộp thuế có được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN không đang là thắc mắc của rất nhiều đơn vị hiện nay. Căn cứ theo điều 10 của Nghị định 320/2025/NĐ-CP, tiền phạt do vi phạm pháp luật về thuế, bao gồm cả tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế thuộc nhóm khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Điều này có nghĩa là, mặc dù doanh nghiệp vẫn phải hạch toán tiền phạt chậm nộp thuế vào sổ theo quy định, nhưng không được đưa khoản chi này vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN. Khi quyết toán thuế, kế toán cần loại trừ khoản tiền chậm nộp này để xác định đúng thu nhập chịu thuế, tránh sai sót và rủi ro về thuế.

Như vậy, tiền phạt chậm nộp thuế không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN. 

5. Mức phạt và cách tính tiền chậm nộp thuế theo quy định hiện hành

Theo Điều 17 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế không nộp tiền thuế đúng thời hạn sẽ phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế còn thiếu.

Cụ thể:

• Mức tính tiền chậm nộp: 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp
• Thời gian tính tiền chậm nộp: Được tính liên tục từ ngày tiếp theo ngày hết thời hạn nộp thuế, thời hạn gia hạn nộp thuế hoặc thời hạn ghi trong thông báo, quyết định của cơ quan quản lý thuế đến ngày liền kề trước ngày người nộp thuế nộp đủ số tiền vào ngân sách nhà nước

Tiền chậm nộp được tính theo công thức sau:

Tiền chậm nộp = Số tiền thuế chậm nộp × 0,03% × Số ngày chậm nộp

Trong đó:

• Số tiền thuế chậm nộp: Khoản thuế doanh nghiệp chưa nộp hoặc nộp thiếu theo quy định.
• 0,03%/ngày: Mức tính tiền chậm nộp theo Luật Quản lý thuế 2025.
• Số ngày chậm nộp: Được tính từ ngày tiếp theo ngày hết hạn nộp thuế đến ngày liền kề trước ngày hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

Lưu ý: Tiền chậm nộp được tính theo số ngày thực tế chậm nộp. Do đó, doanh nghiệp nên nộp bổ sung ngay khi phát hiện còn thiếu nghĩa vụ thuế để hạn chế số tiền chậm nộp phát sinh.

Ví dụ cách tính tiền chậm nộp thuế

Giả sử Công ty A phát hiện kê khai thiếu thuế GTGT và thực hiện khai bổ sung như sau:

Ngày 21/10/2026, doanh nghiệp phát hiện tờ khai thuế GTGT của quý II/2026 kê khai thiếu số thuế phải nộp.

Sau khi lập hồ sơ khai bổ sung, số thuế GTGT phải nộp tăng thêm là 10.000.000 đồng.

Do việc khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp nên doanh nghiệp phải nộp bổ sung số thuế còn thiếu và tính tiền chậm nộp theo quy định.

Bước 1. Xác định số ngày chậm nộp

Giả sử hạn nộp thuế là 31/7/2026 và doanh nghiệp nộp bổ sung vào 21/10/2026.

Số ngày chậm nộp được tính từ 01/8/2026 đến 21/10/2026, gồm:

Tháng 8: 31 ngày

Tháng 9: 30 ngày

Từ ngày 01/10 đến ngày 21/10: 21 ngày

Tổng số ngày chậm nộp: 82 ngày.

Bước 2. Xác định số tiền thuế chậm nộp

Số thuế GTGT phải nộp bổ sung là:

10.000.000 đồng

Bước 3. Tính tiền chậm nộp

Áp dụng công thức:

Tiền chậm nộp = 10.000.000 × 0,03% × 82 = 246.000 đồng

Như vậy, ngoài 10.000.000 đồng tiền thuế GTGT phải nộp bổ sung, doanh nghiệp còn phải nộp thêm 246.000 đồng tiền chậm nộp theo quy định.

Kết luận 

Việc hạch toán đúng tiền phạt chậm nộp thuế không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ quy định mà còn hạn chế những sai lệch có thể ảnh hưởng đến báo cáo tài chính và quyết toán thuế. Tuy nhiên, trong thực tế, kế toán không chỉ xử lý một vài bút toán mà còn phải theo dõi hàng loạt chứng từ, hóa đơn, công nợ, thời hạn kê khai và nhiều nghiệp vụ phát sinh mỗi ngày. Khi khối lượng công việc ngày càng lớn, thao tác thủ công dễ làm tăng nguy cơ sai sót và khiến kế toán chịu nhiều áp lực vào cuối kỳ.

Phần mềm kế toán MISA được thiết kế để đồng hành cùng kế toán trong toàn bộ quy trình xử lý nghiệp vụ, từ ghi nhận chứng từ đến lập báo cáo, giúp doanh nghiệp kiểm soát dữ liệu chính xác hơn và chủ động trong công tác quản lý tài chính.

Phần mềm kế toán MISA mang đến nhiều giá trị cho doanh nghiệp như:

✅ AI tự động đọc hóa đơn điện tử và gợi ý hạch toán, giảm đáng kể thời gian nhập liệu.

✅ Tự động kiểm tra hóa đơn đầu vào, cảnh báo hóa đơn có rủi ro trước khi kê khai thuế.

✅ Đồng bộ dữ liệu với ngân hàng và hóa đơn điện tử, hạn chế nhập liệu nhiều lần và giảm sai lệch số liệu.

✅ Theo dõi doanh thu, chi phí, công nợ và dòng tiền theo thời gian thực, giúp kế toán và nhà quản lý luôn chủ động nắm bắt tình hình tài chính.

✅ Hơn 200 báo cáo tài chính và báo cáo quản trị được cập nhật tức thời, hỗ trợ ra quyết định nhanh chóng và chính xác.